生态农业系统的结构包括三个方面：即物种结构，时空结构和营养结构。这三个方面是相互联系，相互渗透和不可分割的，这种相互联系，结合农业生产，即种植业与畜牧业，即生态农业也称农业生态。
1.物种结构
农业物种群结构，即农业生物(植物、动物、微生物)的组成结构及各种农业生物物种结构。例如，农田中的作物、杂草与土壤微生物及农田作物中的粮食作物、经济作物、饲料作物等。
2.时空结构
农业生态系统的时空结构，即生物的配置与环境组分相互安排与搭配，进而形成了所谓的平面结构和垂直结构。农作物、人工林、果园、牧场、水面是农业生态系统平面结构的第一次层次，在此基础上各业内部的平面结构，如农作物中的粮、棉、油、麻、糖等构成平面结构。第二层次农业生态系统的垂直结构是指在一个农业生态系统区域内，农业生物种群在立面上的组合状况，即将生物与环境组分合理地搭配利用，从而最大限度地利用光、温、水、热等自然环境，提高生产力。
3.营养结构
农业生态系统的营养结构即指农业生态系统中的多种农业营养关系所联结成的多种链状和网状结构，主要是指食物链结构和食物网结构。食物链结构是农业生态系统中最主要营养结构之一，建立合理有效的食物链结构，可以减少营养物质的耗损，提高能量、物质的转化利用率，从而提高系统的生产力和经济效率。
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