铁皮石斛组培苗的驯化分为四个阶段。第一个阶段初始驯化，主要目的是让苗初步接触有菌的空气，但是要控制空气中菌的浓度，在苗抗菌的忍耐度下，方法是旋送培养瓶盖，在相对洁净的户外环境下接受有菌空气进入培养瓶，这阶段持续3~5天，主要观察培养基上染菌的状况，最好是培养基上没有长菌，且幼苗没有明显的菌染斑出现。如果发现培养基上长出菌落，要马上为幼苗更换培养基或者移栽自然条件。
第二阶段是放盖驯化，放盖3~5天，让已初步接触有菌空气的幼苗充分接触有菌空气，在放盖驯化的后期，也就是最后一天至两天，可以把培养瓶置于相对不很洁净的环境下放盖，以进一步训练幼苗对各种复杂细菌的抵抗力。
第三阶段是出根驯化，此时幼苗不仅是茎叶接受驯化，根系也需要出来呼吸新鲜空气了。注意要把根上的培养基冲洗干净，尤其不能在跟末梢粘有琼脂。如果根系带着琼脂入土，容易在琼脂覆盖的部分因根系呼吸不畅而腐烂，病菌也容易在此聚集，以琼脂为营养物质富集生长，危机植株。
这时候的植株抗菌能力已经大大提高，没有像在无菌培养瓶里那样脆弱了。但是根系还发育不全，需要继续驯化，此时用新鲜的湿润细木屑为基质，把多菌灵兑水喷洒其中，再把植株移栽其中，在移栽的前两天，可以适当喷洒生根剂，如花保5号，具体的浓度要根据根系生长状况而定。
