1999年12月20日，澳门回归祖国。澳门特别行政区政府成立后，着力推进公共行政改革，建设现代政府，取得了突出成效。澳门现代政府建设大体经过了三个发展阶段：
第一个阶段：澳门现代政府建设的初期阶段（从澳门特别行政区政府成立起至2007年初）。澳门回归后，特区政府积极推行各项公共行政改革，建立新的公共行政文化，提高公共服务效率和质量，有针对性地解决澳葡政府时期遗留下来的官僚主义、消极保守等问题。澳门特区政府成立之初，就推行了“服务承诺计划”、市民满意度评估计划、ISO国际品质管理认证、一站式服务、设立综合服务中心、解除管制、签约外包及电子政府建设等政府改革措施，使政府公共服务效率与质量比回归前有了显著的提升。
第二个阶段：澳门现代政府建设的全面改革阶段（从2007年6月公共行政改革路线图颁布实施起至2010年初）。随着澳门经济社会的发展，市民对政府公共服务有了更高的要求与期盼，回归初期特区政府循序渐进的行政改革已不能满足社会快速发展的需要，必须对政府管理作出系统、彻底的改革。澳门特区政府于2007年6月推出了《2007至2009年度公共行政改革路线图》，从“整体性、连贯性、延续性”出发，以“科学化、制度化、人性化”作为政府公共行政改革的指导原则，在政策咨询、决策、执行、评估及政府组织架构、公务员管理等方面提出了34项改革内容，并提出加快拟订38项有针对性的配套法规和制度，使现代政府建设的目标更加全面和清晰。
第三个阶段：澳门现代政府建设的深化推进阶段（从2010年第三届特区政府成立至今）。回归以来，澳门社会经济发展迅速，人口结构、产业结构等深刻调整，澳门市民对居住、生活等各方面的公共服务需求快速增长，对政府管理形成了重大挑战。因此，特区政府必须适应经济社会发展的要求，进一步加快现代政府建设，建立澳门特色的现代政府模式。第三届澳门特别行政区行政长官崔世安于2010年就任以来，推行“阳光政府”的施政理念，在廉政建设、官员问责、公共决策、政务公开、公共财政体制、社会保障制度、公共住房、法务等方面进行了深刻改革，使澳门现代政府建设不断加强。
回归十多年来，澳门特区政府以公共行政改革为抓手，以解决民生问题、完善公共服务体系为核心，在政府职能、政府结构、政府运行机制、政府制度、政府管理方式与技术现代化等方面采取了许多成功做法，全面推进了现代政府建设。
（一）加快完善公共服务体系，着力推进政府职能现代化
澳门特区政府坚持把提升民生水平作为施政的出发点和落脚点，从涉及市民切身利益的社会保障、医疗服务、公共住屋等方面入手，加大财政投入，建立了现代公共服务体系与社会保障体系。
第一，完善援助弱势群体的公共服务体系。在临时性援助方面，特区政府以特别津贴等形式援助生活困难群体，如2012年施政报告提出将困难家庭的援助金多发放一次，向三类弱势家庭(单亲、残疾人士、长期病患者)发放特别补助和特别生活津贴，豁免社屋住户全年租金等。在制度性援助方面，实行全职低收入受雇人士的经济补贴制度，作为全职雇员的本地居民如每月收入不足4400元，可向政府申请收入补贴差额；实行最低维生指数制度与三类弱势家庭援助制度。2014年，政府扩大短期食物补助计划的服务面，援助期限由8周延长至10周；向首次领取援助金家庭提供一次性食物补助等；继续对符合资格的社屋住户豁免全年租金；继续实施全职低收入受雇人士补贴，对符合资格的居民每月补贴4700元。
第二，实施普惠性现金分享、税费减免及补贴政策。从2008年起，澳门实施现金分享计划，从政府财政盈余中拨出一定的数额直接派发给居民；澳门2014年现金分享计划的财政开支约56.55亿元。2014年，特区政府实施了多项税务减免政策：所得补充税可课税的年收益豁免额由20万元调升至30万元，以减轻中小企业的税务负担；减收全体就业居民职业税的30%，免税额为14.4万元；免收所有营业税、小贩牌照费、街市摊档租金、鲜活食品检疫费、人寿及非人寿保险印花税及银行手续印花税。
第三，完善公共住房保障体系。澳门第三任行政长官崔世安上任后，启动了回归后最大的公屋建设计划，承诺在2012年内建成1.9万个公共屋房单位。特区政府已经全面落实“万九公屋”计划，达成了兴建1.9万个公屋单位的目标。与此同时，成立“公共房屋事务委员会”，确定“社屋为主，经屋为辅”的原则，编制《公共房屋发展策略(2010-2020)》。特区政府进行了《经济房屋法》的修订工作，放宽了申请经屋人士的收入上限，使经屋的申请条件可覆盖全澳八成的居民。
第四，完善公共教育服务体系。特区政府实施“教育兴澳”战略，修订《非高等教育制度纲要法》等法律规范，制定《非高等教育发展十年规划(2011-2020)》，推行15年免费教育；特区政府还推进终身学习，增加奖助学金和持续教育津贴。为促进终生学习，自2011年起，特区政府推出为期三年的“持续进修发展计划”，向年满15岁的澳门居民每人提供上限为5000元的持续进修资助；2014年，政府在优化计划的基础上，推出第二阶段的“持续进修发展计划”，向年满15岁的澳门居民提供为期三年的进修资助，每人上限由5000元调升至6000元。
第五，完善医疗保障服务体系。特区政府在完善初级卫生保健服务的基础上，健全并扩充医疗网络，提升医疗服务质量，落实《完善医疗系统建设方案》。针对老年人口不断增加对医疗服务的特殊需求，特区政府计划筹设老人医学跨部门工作小组，开展老人精神科住院服务及老人科病区建设；筹建老人专科门诊。为加强与民间医疗机构的合作，特区政府推出医疗补贴计划，向每名永久性居民派发医疗券，居民可以持医疗券到私人诊所接受医疗服务。2014年，政府继续向每名澳门永久性居民派发医疗券，面额为600元。
第六，完善养老与社会保障服务体系。特区政府推动《长者权益保障纲要法》立法，投入资源兴建护老院及拓展日间护老中心，并与非营利团体合作提供长者的平安钟服务。政府向全体年满65岁的澳门永久性居民发放敬老金，2012年向长者发放的敬老金调升至6000元；2014年再次调升敬老金至7000元。澳门社会保障基金发放金额不断上升，1999年基金共发放各类津贴约1.4亿元，而2011年共发放各类津贴约11亿元，其中，养老金的发放达到9.7亿元,占总发放金额的88%。2013年，特区政府向社保基金额外注资50亿元，以及增加博彩毛收入中对社保基金的拨款比例，由60%调升至75%。澳门还于2009年开始实施了中央公积金制度，特区政府已分别于2011年、2012年连续两年向合资格居民的中央公积金户口注资6000元；根据《公积金个人账户》法律的规定，2013年每名合资格的澳门永久性居民都获政府在个人账户注入1万元启动金。
特区政府成立后，为了优化组织架构，设立了审计署、廉政公署、警察总局、海关、民政总署；还根据社会变化与发展，将澳门市政厅及海岛市政厅合并成为民政总署；对行政暨公职局进行内部重组后更名为行政公职局。
在公共行政改革路线图颁布后，为科学配置部门职能，特区政府自2009年至2011年底重组了18个部门，撤销了4个部门，新设6个部门。在理顺民政总署与土地工务运输局的职能后，设立了交通事务局及环境保护局；完成行政暨公职局的重组，以配合公共行政改革的持续发展、落实中央招聘和晋级培训及强化中央人事统筹职能。
（三）完善科学决策机制与公共服务机制，推进政府运行机制现代化
第一，完善科学决策机制。加强政策研究的力度，设立了特区政府政策研究室，作为行政长官的决策智库。加强政策咨询，政府在不同领域设立了多个咨询委员会及咨询组织，并定期举行小区座谈会。推行《公共政策咨询规范性指引》，让居民有机会参与政策的制定过程。澳门政府于2007年设立“公共行政改革咨询委员会”，由政府代表、社会人士及专家学者等不少于25名成员组成。
第二，完善公共服务机制。一是设立了政府信息中心和多个市民服务中心。二是推行了“一站式”服务。截至2011年10月，11个部门提供14项“一站式”服务。2009年底，澳门特区政府设立“政府综合服务大楼”，服务项目由2009年底的14个部门提供的86项，增加至2011年的101项。三是实行服务承诺制度。2003年底，所有提供对外服务的政府部门都推行了“服务承诺”计划。特区政府在2007年颁布了《服务承诺认可制度》及相关法规，成立了“公共服务评审委员会”，该委员会负责对政府部门的服务承诺进行评审。为了优化公共部门的运作及服务质素，在2011年设立“政府服务优质奖”，在2012年10月，经过公共服务评审委员会严谨的评审，最后共9个参奖项目获奖。四是实行市民满意度评估计划。2003年开始实施市民满意度评估计划。至2007年9月，共有25个政府部门推行了有关评估。五是推进ISO国际质量管理认证。到2011年10月，有11个部门共73个附属单位考取了ISO管理认证。六是进行了行政程序简化。2002年，澳门特区政府开始进行不涉及法规修改的行政程序简化工作。其后，制定编写了《优化行政程序工作的一些建议》、《优化行政程序与一站式服务模式工作指南》和《评估优化行政程序成效指南》。
（四）完善公务员制度与官员问责制度，推进政府制度现代化
第一，推进公务员制度改革。全面研究及逐步修订公务人员的职程、薪酬与福利、离职与流动、奖惩与调解及其他相关的制度。开展中央招聘与统筹管理，颁行《公务人员职程制度》等行政法规，对中央入职、晋级培训和管理进行更有效的规范。2011年，特区政府出台《公务人员的招聘、甄选及晋级培训》行政法规，实行了公务员中央招聘制度。2013年，特区政府进一步有序推进中央招聘，优化人员规模管理。2014年，技术辅导员、信息范畴高级技术员、法律范畴高级技术员进行中央入职开考，在逐步实施各项甄选程序后，进入分配任用程序，以填补各部门的职位空缺。
第二，完善官员问责制度。回归后，澳门特别行政区设立了廉政公署，廉政公署独立工作，廉政专员对行政长官负责。2003年立法会通过新的公职人员财产申报法律。2003年出台《公务采购程序指引》。2005年出台《公务人员廉洁操守指引》和《公共部门及机构廉洁守则制作建议》。自2007起，特区政府以制定官员问责规范来推进官员问责制度建设，先后出台实施了《澳门特区主要官员通则》、《澳门特区主要官员守则》、《财产及利益申报法律制度》及《领导及主管人员行为准则——义务及违反义务时的责任》，确立了离任行政长官、主要官员及领导人员终止职务后从事私人业务的原则及标准。
第一，以公共服务电子化为重点，推进电子政府建设。特区政府把建设电子政府确立为政府管理现代化的先导，推出了电子服务平台，推行了电子证书应用、网上支付、网上报关、电子表格等电子化公共服务。
第二，广泛采用外判（合同外包）方式提供服务。回归前，澳门政府已经采取了外判来提供公共服务。回归后，特区政府在清洁、保安、公共工程、公园管理、公厕管理、文化艺术、科学研究、保健护理、社会工作等公共服务领域广泛推行合同外包的方式，比如公共场所的清洁专营公司，以及把公共运输专营权批给3家巴士公司等等，加强了服务的竞争性。
第三，采用现代绩效管理制度。澳门特区政府于2005年1月1日正式实施《公共行政工作人员工作表现评核原则》及相关行政法规，新的工作表现评核制度是一套相对科学、完善、合理及具操作性的绩效评核指标体系，可以客观地评价公务员履行职位职责的情况。2013年，澳门政府建立领导官员绩效评审制度，加强了绩效治理。
第一，着力于提高政府治理能力，推进政府治理现代化。澳门特区政府认真分析施政过程中遇到的各种问题，及时总结政策制定与实施过程中获得的经验，深刻认识到提高政府治理能力的重要性，认识到全面提升政府公共管理能力是保障澳门经济繁荣与长期稳定的先决条件，认识到澳门的繁荣必须建立在公平、法治、民主、廉洁、透明度、问责等价值观念与完备制度的基础之上。为此，澳门特区政府完善了官员问责制，提升主要官员履职尽责能力；推进了廉洁政府建设与阳光政府建设，推进了科学民主决策机制建设，提高了政府政策透明度，吸纳公民参与到政府管理过程中来，形成一个多中心治理的现代国家治理体系。回归10年来，澳门特区政府的现代治理能力提升明显。
第二，持续改革政府管理，始终致力于推进现代政府建设。现代政府建设是一个持续性的发展过程，政府必须根据经济社会的发展变化，及时改革行政体制与政府管理，最终达到政府管理现代化的目标。自回归以来，澳门特区政府在历年的施政报告中都把公共行政与公共服务改革作为施政的重点之一，采取各种措施改革公共行政文化，提升公共服务质量。澳门特区政府先后采取了“一站式”服务、服务承诺制度、市民满意度评估计划、ISO国际质量管理认证等主要改革措施，大幅度提高了行政效率和服务质素，将澳门特区政府建设成为现代化的高效率政府。
第三，抓住关键环节，全面推进政府管理现代化。澳门特区政府从职能、结构、运行机制、制度、管理方式与技术等方面综合采取对策，有效地促进了现代政府建设。澳门特区政府以解决最低生活保障、公共教育、公共医疗卫生、公共住房、社会保障等民生问题为重点，加快完善各类公共服务体系，有力推进了政府职能现代化；以优化政府组织结构、解决部门职能重叠交叉为重点，推进了政府结构现代化；以完善科学决策机制与公共服务机制为重点，推进了政府运行机制现代化；以公务员制度改革和官员问责制度建立为重点，推进了现代政府制度建设；以公共服务电子化为重点，推进了电子政府建设，并广泛运用了合同外包、绩效管理等现代管理手段。
第四，坚持以人为本的理念，不断加大公共服务投入，使公共服务投入成为财政支出的主体。持续与不断增加的财政投入是公共服务体系建设的基础。澳门特区政府不断完善各项民生政策，公共服务财政投入也在不断增加。以现金分享计划为例，2008年政府向永久性居民派发5000元、非永久性居民派发3000元；到2014年分别提升至9000澳门元及5400澳门元；澳门政府提供的奖助学金、敬老金等补贴与津贴也随着政府税收的增加而逐年增加，使民众实实在在享受到了澳门经济发展的成果。澳门政府公共服务支出预算不断增加，由2010年的约400亿澳门元、2011年约490亿澳门元、2012年约770亿澳门元，增加至2013年的约825.76亿澳门元。
第五，广泛借鉴国内外现代政府建设有益经验，结合澳门特点有序推进。澳门特区政府在现代政府建设过程中，广泛借鉴了其他国家特别是发达国家所推行的各项公共行政改革措施及先进的管理技术和方法，并结合澳门特点加以改造与应用，大大提高了政府公共服务效率与质量。特别是澳门特区政府在公共行政改革的过程中，还主动研究、借鉴和吸收内地许多成功的公共行政改革理念与做法，在实践过程中创造性地加以运用，以自身现代政府建设的实践丰富了“一国两制”的内涵。
