认罪认罚从宽制度存在于侦查、审查起诉至审判的整个诉讼过程，涉及自侦查阶段开始的认罪认罚选择，审查起诉阶段的量刑协商以及审判阶段的自愿、合法性审查和庭审简化，故有必要对各诉讼阶段的办案程序进行适当调整，同时又必须建立健全配套制度以保障犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利。
犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。
1、侦查阶段。
鼓励和引导犯罪嫌疑人在侦查阶段自愿如实供述罪行并不会减弱公安机关的侦查责任，公安机关仍应依法全面收集证据材料，查明案件事实。相反，侦查阶段的自愿认罪可能对防范证据非法取得和案件快速、高效侦破起积极作用。侦查机关应当在犯罪嫌疑人被第一次讯问或被采取强制措施时告知认罪认罚从宽的相关法律规定，赋予犯罪嫌疑人启动请求权。对于未委托辩护人的犯罪嫌疑人，应及时通知值班律师就认罪认罚事宜提供法律咨询。因此，有必要加快建立健全法律援助值班律师制度，保证辩护人、值班律师的讯问在场权，完善检察机关对侦查活动的监督权，以保障认罪认罚的自愿性和合法性。
2、审查起诉阶段。
对于侦查机关移送审查起诉的符合认罪认罚从宽条件的案件，检察机关在审查证据材料之前应当核实侦查阶段犯罪嫌疑人认罪认罚的自愿性及过程的合法性，再按照不起诉、附条件不起诉或起诉的法律规定处理。对于应当起诉且满足认罪认罚从宽条件的案件，检察机关应当按照量刑协商程序告知被告人指控罪名，与其案件事实、认罪认罚情节有关的量刑规定以及可能的量刑结果，并与被告人及其辩护人或值班律师进行量刑协商，提出量刑和审理程序建议。对于侦查阶段未处理的退赃退赔、刑事和解等事宜，在量刑协商阶段有必要一并处理。被告人自愿认罪，对指控的犯罪事实和罪名没有异议，并同意检察机关的量刑建议和审理程序建议的，应当签署具结书。起诉时，检察机关应当将案卷材料、量刑协议、具结书一并移交法院。对于被告人同意适用简易程序或速裁程序的案件，检察机关起诉时还应就审理程序向法院提出建议。为保障量刑协商时的信息对等，在此阶段应健全证据开示制度。对于达成量刑协议并签署具结书的被告人，还应赋予其认罪认罚表示撤回权。
3、审判阶段。
对于检察机关按照认罪认罚从宽规定提起公诉的案件，法院应当首先确认案件不存在不应或不宜适用的情形，如被告人属于尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人，未成年被告人的法定代理人、辩护人对未成年人认罪认罚有异议，因犯罪性质恶劣、手段残忍、社会危害严重而不足以从宽处罚以及其他不宜适用的情形。法院依照认罪认罚从宽规定审理案件时，应重点审查被告人认罪认罚的自愿性和控辩协议的合法性，包括被告人是否具有为认罪认罚意思表示的认知能力和精神状态，作认罪认罚答辩时是否受威胁或引诱，是否有效参与协商并对协议内容和诉讼权利减损后果有充分认识。
法院决定适用简易程序或速裁程序的，可以对庭审做相应简化，但应当保障被告人最后陈述的权利。对于认罪认罚案件，法院一般应采纳公诉机关指控的罪名和控辩双方达成的量刑协议并当庭宣判，但法院经审理认为案件罪名与指控罪名不一致、违背意愿认罪认罚、拟宣告刑与量刑协议差距过大、被告人不构成犯罪或不应追究刑事责任等情形出现时，应及时终止适用认罪认罚案件审理程序，转为普通程序审理。
因为认罪认罚不是一个单独的程序，刑事案件的认罪认罚的来源在于对于违法行为的侦查阶段，从侦查到最后的审判当中对认罪认罚的犯罪嫌疑人所适用的程序要结合具体的案情，认罪认罚也要保证对侦查活动的监督，要确保认罪认罚是当事人自愿的。
我国的刑事诉讼程序中的认罪认罚从宽的制度实则是一种对于犯罪嫌疑人以及被告人的一种缓和的判刑的行为，此时也体现了我国的刑事法律中关爱人权的一面。
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