非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款
《中华人民共和国土地管理法》
第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
1、调查取证;
2、告知处罚事实、理由、依据和有关权利;
3、听取陈述、申辩或者举行听证会;
4、作出行政处罚决定;
5、作出行政处罚决定书。
1、一次性非法批准征用、占用基本农田0.67公顷(10亩)以上，或者其他耕地2公顷(30亩)以上，或者其他土地3.33公顷(50亩)以上的;
3、非法批准征用、占用土地数量虽未达到上述标准，但接近上述标准且导致被非法批准征用、占用的土地或者植被遭到严重破坏，或者造成有关单位、个人直接经济损失20万元以上的;
4、非法批准征用、占用土地，影响群众生产、生活，引起纠纷，造成恶劣影响或者其他严重后果的。
综上所述，关于非法占用土地该怎么处理的这个问题，其实也要根据具体情况分析，不构成犯罪的，由国土资源局予以行政处罚，构成犯罪的要追究刑事责任，比如非法占用土地严重影响人民群众的生产生活，或者造成个人经济损失在20万元以上等情形。
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