我国过去虽然在《刑法》和《刑事诉讼法》以及有关的司法解释中已经对未成年人犯罪案件有不少特别规定，但是由于这些规定均散见在其他有关制度和程序中，缺乏系统性。《刑法草案》在吸收过去成功经验和做法的基础上，专章对未成年人犯罪案件诉讼程序进行规定，彰显了国家对未成年犯罪问题的重视以及对未成年犯罪人进行“教育、感化、挽救和改造”的方针。特别应当提到的是，《刑法草案》除了整合现行规定以外，还在两个方面有重大突破：
1、对未成年人犯罪设置了附条件不起诉制度
规定对于未成年人涉嫌侵犯人身权利民主权利、侵犯财产、妨害社会管理秩序犯罪，可能判处一年有期徒刑以下的刑罚，符合起诉条件，但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。
规定犯罪的时候不满十八岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对犯罪记录予以封存，不得向任何单位和个人提供。这两个制度的确立，对于未成年犯罪人消除犯罪污点、尽快回归社会，无疑具有重大的进步意义。
(二)特定范围公诉案件的和解程序
近年来，学界对刑事和解进行了热烈的讨论，实践中也进行了许多有益的探索。《刑法草案》在吸收学术研究成果、总结实践经验的基础上，对刑事和解采取了既积极又审慎的态度：一方面将刑事和解程序从原来的自诉案件扩大适用到公诉案件;另一方面又严格限定和解程序的适用范围，将其限定为因民间纠纷引起，涉嫌侵犯人身权利民主权利、侵犯财产犯罪，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的故意犯罪案件，以及除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下的过失犯罪案件。和解程序引入公诉案件，对于化解社会矛盾、节省国家司法资源将会发生巨大的促进作用，同时限定其范围又充分体现了国家刑罚权的严肃性，有利于保证司法公正的底限。
由于没有缺席审判制度，无法解决犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡后案件中的违法所得的没收问题。尤其是考虑到与我国已加入的反腐败公约及有关反恐怖问题的决议相衔接，《刑法》规定，对于贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人潜逃，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请，并设置了具体的审理程序。这一特别程序的设立，对于减少犯罪损失、维护国家利益、促进司法协助，都有重大意义。
(四)对实施暴力行为的精神病人的强制医疗程序
许多国家的《刑事诉讼法》针对精神病人都建立了强制医疗程序，其目的在于预防精神病人再次实施危害社会的行为，并避免精神病人自我伤害。我国此次刑事诉讼法修订草案，对这一问题也给予了足够的重视，规定对实施暴力行为危害公共安全或者致人死亡、重伤，依法不负刑事责任，有继续危害社会可能的精神病人，由人民检察院向人民法院提出强制医疗的申请，由人民法院作出决定，并对人民法院的决定程序、强制医疗的解除程序和人民检察院的监督等作出规定。
这一特别程序的增设对于保障公众安全、维护社会和谐有序、及时妥善医治精神病人都将发挥重大作用
对于未成年人的主要方针是再教育，倾向感化的改造。满足条件的可以不起诉该当事人或对其犯罪记录实施保密措施，以保障其往后的人生能回归正常。而精神病人思维行为不受控制，危害大于一般人，庭审时很大程度不能配合程序，对其实施特殊的强制医疗是非常有必要的。此外还有其他特定和解程序和没收财产程序可加快案件办理、赔偿速度。
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