根据《刑事诉讼法》
第一百六十八条 人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
2、对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
3、人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
1、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。
条件：
(1)案件已经经过了补充侦查。
(2)证据不足，不符合起诉条件的。
2、对于需要补充侦查的，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
3、刑事诉讼程序应严格遵循“一事不再理”原则，生效的裁判或决定一经作出即具有既定力，除为被告人之利益或特殊情形外，不能因同一事实对被告人再次起诉或审理。
其中“一事”是指，同一诉讼案件或者说同一被告人被指控的同一犯罪事实，不能因为发现新证据就否定系“一事”。既然基于“一事”已经有发生效力的不起诉决定，意味着针对同一案件的刑事诉讼已经终止。故要想重新恢复刑事诉讼，就应当将原来的不起诉决定撤销，将被不起诉人的身份转变为被告人。
对于公诉类型的刑事案件，一般需要由检察院依法进行审查之后作出是否起诉的决定。对于第一次审查之后，发现刑事案件的证据不充足的，可以依法退回补充侦查，对于已经退回补充侦查两次，依旧无法获得充足证据的，那么检察院就需要作出不起诉的决定。
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