存疑不起诉可以申请国家赔偿。存疑不起诉，是指检察院在行为人案件事实不清、证据不足的情况下，决定不起诉。在这种情况下，行为人被拘留属于无罪性质，当然可以要求国家赔偿，即国家侵权损害赔偿，这是国家对行使公共权利的侵权行为所造成的伤害承担赔偿责任的行为。国家赔偿的主要方式是支付赔偿金，财产能够返还或者恢复原状的，应当给予返还或者恢复原状。
检察院对存疑不起诉案件的赔偿可以由当事人直接申请国家赔偿，但必须符合国家赔偿的相关条件，另外，检察院还必须对相关案件进行认定后进行处理，如果在后期发现了证据可以支撑犯罪事实的，则立即追究相关刑事责任。
对于经检察机关作出存疑不起诉的决定的，应视为对案件作出的无罪的决定，按照法律规定，应予赔偿。如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。存疑不起诉是人民检察院在审核相应的证据后，发现证据不足，可以退回侦查机关补充侦查，对于经过补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足的，可以以案件存有疑点不予起诉。
(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。
(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。
具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
需要注意的是，在刑事诉讼的程序中，对于存疑不起诉案件的认定，是需要检察机关对证据和案件事实，充分的审查之后，才有权作出的，但是如果在不起诉之后，又发现了新的犯罪事实，则还可以继续追究相关责任。
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