1、犯罪目的不同。挪用公款罪以非法占用为目的，即暂时地挪用公款归个人使用;贪污罪以非法占有为目的，即意图永远地非法占有公共财物。
2、行为手段不同。挪用公款罪的行为手段是擅自私用公款，实际案件中行为人一般没有涂改、销毁、伪造账簿的非法行为;贪污罪的行为手段是侵吞、窃取、骗取等非法手段，实际案件中行为人往往有涂改、销毁、伪造账簿的非法行为。
3、行为对象有所不同。挪用公款罪的对象仅限于公款;贪污罪的对象是公共财物，既包括公款，也包括公物。
挪用公款罪与贪污罪的主要区别在于行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。挪用公款是否转化为贪污，应当按照主客观相一致的原则，具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。在司法实践中，具有以下情形之一的，可以认定行为人具有非法占有公款的目的：
1、根据《最高人民法院关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第六条的规定，行为人“携带挪用的公款潜逃的”，对其携带挪用的公款部分，以贪污罪定罪处罚。
2、行为人挪用公款后采取虚假发票平帐、销毁有关帐目等手段，使所挪用的公款已难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
3、行为人截取单位收入不入帐，非法占有，使所占有的公款难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
4、有证据证明行为人有能力归还所挪用的公款而拒不归还，并隐瞒挪用的公款去向的，应当以贪污罪定罪处罚。
对于司法机关认定的挪用公款罪和贪污罪的具体认定和处理情况，可以基于上述法律中规定的程序来进行合法的处理，特别是对于造成了严重的违法事实后果的，可以由法院在对相关贪污受贿的金额进行清算后量刑处理。
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