应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)、犯罪已过追诉时效期限的;
(三)、经特 赦令免除刑罚的;
(四)、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)、其他法律规定免予追究刑事责任的。
二、法律上立案侦查阶段什么意思
立案侦查是指公安机关接到公民报案、控告、举报及违反治安管理行为人或者触犯《刑法》的犯罪嫌疑人主动投案，以及其他行政主管部门、司法机关移送的案件，受理后经领导批准，立为刑事或治安案件查处的行为。
司法机关对于控告、检举或者自首的材料，应按管辖范围进行审查。对于不属于自己管辖的，应移送主管机关处理，并通知控告人、检举人;对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应先采取紧急措施，然后移送主管机关。如符合立案条件的，应当立案。立案后，一般案件由公安机关、人民检察院开始侦查;自诉案件由人民法院直接审理;如没有犯罪事实，或者依法不应追究刑事责任的，则不予立案。
三、可以起诉已经去世的犯罪嫌疑人吗
已经去世的犯罪嫌疑人，是不能再对其提起公诉的。按照规定：犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。
从这一条规定就可以得出，犯罪嫌疑人死亡时，如果案件还在公安机关的手里，那么应当撤销案件;如果案件进入到检察院阶段，检察院应当作出不起诉的决定。也就是说，已经去世的犯罪嫌疑人，不能再对其进行起诉了。
立案侦查指的是关机关接到报案控告或者是举报，或者是犯罪嫌疑人主动投案以后。受理以后经过领导的批准，立为刑事案件或者是治安案件进行查处的一种行为。如果在侦查的过程中，犯罪嫌疑人死亡的话，那么将会终止侦查，撤销案件。
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