有借条通过第三方转账记录只要有证据证明确实存在着借款关系就是合法的。证据包括：
(一)当事人的陈述;
(二)书证;
(三)物证;
(四)视听资料;
(五)电子数据;
(六)证人证言;
(七)鉴定意见;
(八)勘验笔录。
二、一个借条要想让它具有法律效力，应具备如下内容：
1、应写清楚借款人和放款人的法定全名;
2、应写清楚借款金额，要同时用阿拉伯数字和中文大写，如“人民币10万元(拾万元)”，防止持有借条的人篡改;
3、应写清楚借款时间期限，包括借款的起止年月日和明确的借款期限，最好精确到日;
4、应写清楚还款的具体年月日，但不是必须的
5、应写清楚借款的利息，应有明确的年利率或月利率，最终应支付的借款利息总额(包括大写和小写金额)等约定;
6、应写清楚借款本息偿还的年月日时间及付款方式;
7、应有借款本人亲自签章、手印或亲笔书写的签字;
8、如果金额较大，可以请第三方见证，并签名。
收集网络转账证据时要收集三类证据：一是转账内容证据，包括转账对话的内容，也包括转账者简单的个人信息，当然这些信息一般是虚假的，须借助收集到的上网 IP地址及上网使用的网络进行佐证;第二类是系统环境证据，即我们借助的计算机硬件和软件数据是否正常，用以辅助证明网络转账证据的可靠性;第三类是附属信息证据，如IP地址、所借助的服务器、上网账号、信息传递的路径等，从而将转账者与某个特定的行为人联系起来。对于装张内容，可以通过网络服务商以拷贝、打印的方式收集，在网络服务商未保存的情况下，可以从转账者双方电脑记录中收集，并将其以拷贝或打印的方式固定下来。对于被篡改的转账记录，可以聘请专门技术人员对其进行恢复，因为当前的技术足以证实每一次硬盘的擦写记录都可以进行恢复，计算机对文件的修改也不是完全意义的删除或覆盖。
综合上面所说的，有借条代表着债务人已经确定了双方存在债务的关系，如果是通过第三方进行转账的，那么就可以确定合理、合法，所以，在处理的时候就需要协商好，而且借条也需要确定有效，这样才能保障到自己的权益。
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