不可以。仅有增值税发票不能作为已付款凭证或者说不能认定付款事实。因为在使用一般发票进行买卖交易的场合，通常情况下是在付款后再开具发票，或是开具发票行为与付款行为同时进行，发票在此种情况下可以作为付款凭证，证明已付款的事实。但在使用增值税发票进行交易的场合，这种专用发票具有证明销售方已尽纳税义务和购买方进项税额的作用，因而它就又具有了确定最终应付价款准确数额的作用，但并不能起到物权凭证的作用。所以，为了以增值税发票证明付款的事实，其仍需另外举证补强，以其他证据如进帐单、支票存根等付款凭证来作为已付款的依据，否则，增值税发票就不能作为已付款凭证。
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明;是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可超过人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。
开票时，发票的抬头要与企业名称的全称一致，2017年7月1日以后，增值税发票必须要有税号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
按照我们国家的规定，所有的企业和公民都要按照一定的标准来支付相应的税金，那么为了反映出纳税人的经济活动，国家也是规定在对方付完货款后，收款方也是要提供增值税发票的，增值税发票也是只有纳税人可以领购使用，任何企业也不可以拒绝提供增值税发票。
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