(一)营业税
《营业税税目注释(试行稿)》(国税发[1993]149号)第八、九条对此作出了明确规定：“以不动产(无形资产)投资入股，参与接受投资方利润分配、共同承担投资风险的行为，不征营业税。但转让该项股权，应按本税目征税”。2002年12月《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)对这种行为征税办法重新作出规定，自2003年1月1日起，对以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。对股权转让不征收营业税。《营业税税目注释(试行稿)》(国税发[1993]149号)第八、九条中与新规定内容不符的予以废止。
如：山东胜利股份公司关于转让青岛胜通海岸置业发展有限公司部分股权的相关协议如下(采用资料全部来源于上市公司公告)：
本公司、青岛胜信投资有限公司、青岛四方城市发展有限公司与青岛城市建设投资(集团)有限责任公司签署协议，本公司将持有的胜通海岸18%股权分次转让给青岛城投;胜信投资(本公司持股62.5%)将其持有的胜通海岸20%股权转让给青岛城投;四方城发将其持有的胜通海岸13%的股权通过法定程序转让给青岛城投。双方确认本公司转让胜通海岸18%的股权价款共计为人民币31，140万元。胜信投资本次转让胜通海岸20%的股权价款共计为人民币34，600万元。
根据财税[2002]191号规定，此次股权转让不征收营业税。
(二)企业所得税
企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
1、企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。国税函[2004]390号规定：企业在一般的股权买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)有关规定执行;股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。
2、国税发[2000]118号规定：企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税;投资企业取得股息性质的投资收益，凡投资企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。根据以上规定，投资企业可以利用其在被投资企业的影响先由被投资企业进行利润分配然后转让股权，以达到减轻所得税费用、提高税后净收益的目的。
3、国税函[2004]390号关于股权转让所得税补充规定：一、企业在一般的股权(包括转让股票或股份)买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得;二、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发(企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定)的通知》(国税发[1998]97号)的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得;三、按照《国家税务总局关于执行(企业会计制度)需要明确的有关所得税问题的通知》(国税发[2003]45号)第三条规定，企业已提取减值、跌价或坏帐准备的资产，如果有关准备在申报纳税时已调增应纳税所得，转让处置有关资产而冲销的相关准备应允许作相反的纳税调整。因此，企业清算或转让子公司(或独立核算的分公司)的全部股权时，被清算或被转让企业应按过去已冲销并调增应纳税所得的坏帐准备等各项资产减值准备的数额，相应调减应纳税所得，增加未分配利润，转让人(或投资方)按享有的权益份额确认为股息性质的所得。
(三)个人所得税
根据个人所得税法规的有关规定，个人转让股权应按“财产转让所得”项目依20%的税率计算缴纳个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。
合理费用，是指纳税人在转让财产过程中按有关规定所支付的费用，包括营业税、城建税、教育费附加、资产评估费、中介服务费等。而有价证券的财产原值，是指买入时按照规定交纳的有关费用。
需要注意的是，在计算缴纳的税款时，必须提供有关合法凭证，对未能提供完整、准确的财产原值合法凭证而不能正确计算财产原值的，主管税务机关可根据当地实际情况核定其财产原值。
例如，2007年国美电器宣布，在香港上市的国美电器控股有限公司，通过银行以委托贷款给独立第三方的方式，得到大中电器独家管理与经营权。收购价格为36.5亿。大中电器股权持有人张大中透露，正是由于大中电器被国美电器收购，其所持股权进行转让，向北京市地税局一次性缴纳个人所得税达5.6亿元，并得到了市地税局向他开具的个人所得税完税凭证，成为国内一次性缴纳个人所得税最多的纳税人。
(四)印花税
1、非上市公司不以股票形式发生的企业股权转让行为，属于财产所有权转让行为，应按照产权转移书据缴纳印花税。印花税税目税率表第十一项规定，产权转移书据应按所载金额的万分之五贴花。国税发[1991]155号第十条进一步明确，“财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。”这里的企业股权转让所立的书据，是指未上市公司股权转让所书立的书据，不包括上市公司的股票转让所书立的书据。
2、财政部、国家税务总局对上市公司股票转让所书立的书据怎样征收印花税作出了专门规定。2008年4月，经国务院批准，财政部、国家税务总局决定，从2008年4月24号起，调整证券(股票)交易印花税率，由现行千分之三调整为千分之一。即对买卖、继承、赠予所书立的A股、B股股权转让数据，由立据双方当事人分别按千分之一的税率缴纳证券交易印花税。
3、对经国务院和省级人民政府决定或批准进行政企脱钩、对企业(集团)进行改组和改变管理体制、变更企业隶属关系，以及国有企业改制、盘活国有企业资产，而发生的国有股权无偿划转行为，暂不征收证券交易印花税。
