同一个软件通常是有终端和后台的，也就是俗称的前台程序和后台程序，是相对对立的存在。
针对的用户是不同的。一个是针对用户，一个是针对管理员。实际的功能肯定也是不同的。
区别在于，申请2个著作权的话，要面临的问题就是，名称可能为XXX的终端软件。XXX的后台管理软件。
申请一个的话，可能的名称为XXX软件，也就是说，软件名称直接体现了对应的开发软件的功能。
申请2个的话，提交的对应的是软件前台的说明书和详细代码，提交的是后台的说明书和详细代码。
申请1个的话，提交的是整个前台和后台的整体说明书和代码(包括前台和后台)
具体的情况，可根据实际情况的需要，两种都可以办理。
办理的计算机著作权的官方合理流程是：
网报，网上申请著作权。
准备相关材料，具体的有相关的说明，打印好，盖上章，邮寄发送到位等待回复。
交到中国版权保护中心，这个机构。
中国版权保护中心受理缴费，有问题的话要按要求修改直至机构受理通过才行。
二审工作，有问题的话会给你发补正的通知，按照所诉要求修改到位，直至机构通过才行。
公告出证，一般在官方的网站发布。一般公告发出后3个工作日出证，一般是受理之日起30个工作日。所以需要合理计划好时间，提早解决著作权问题，避免影响软件发布时间。
计算机的软件著作权同计算机软件专利，都属于保护知识产权。申请通过后，可以拿到政府相应的资助。软件专利是指对软件的设计的一种思想创意的进行保护，不针对某一个软件本身的保护。计算机著作权在上面有讲到。就性质来说，软件著作权属于民事权利。
延伸阅读：
委托作品的著作权归属如何确定
