1、目的的不同
计算机软件著作权登记---属于权利上的登记，目的在于确权，为今后追究第三方侵权留下足够的证据;
软件产品登记---目的在于投放市场，确保拥有一个合法的身份。
2、负责管理和登记的部门的不同
计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心;
软件产品登记：国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定。
进口软件产品(含进口软件本地化产品)的登记申请，统一由中国软件行业协会受理，最终经信息产业部审查批准后，核发软件产品登记号和软件产品登记证书。并由信息产业部审核备案。
3、保护期限的不同
软件著作权自软件开发完成之日起产生。自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后50年;软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后50年。法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后50年，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，本条例不再保护。
软件产品登记的程序是先有著作权证 和 相关营业执照 外加测试合格证书才能进行产品登记。
著作权是当事人的权属所在，是软件开发完后可以自动或法律上登记程序而得到。
软件产品登记是当事人具有了三证后，具有了软件产品进入市场销售的法律凭证。 (简单点就是销售许可证)
4、计算机软件著作权保护的对象是计算机软件，不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。计算机软件，指计算机程序及其有关文档。
软件著作权登记工作是为贯彻著作权法的实施，适应著作权人和有关权利人的实际需要而设立的，这些工作在明确著作权人的合法权利等方面发挥着积极的作用。软件著作权登记是办理软件产品登记的前提。
5、软件产品实行登记和备案制度。未经软件产品登记和备案或被撤消的软件产品，不得在我国境内经营或者销售。
软件产品经登记生效后，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。所退税款由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。软件产品登记的有效期为五年，有效期满后可申请续延。
综上所述，软件产品登记是为了让软件能够作为一种商品进入市场并且可以得到有关部门的规范，而软件著作权的确定是一种对软件所有者的权利保护而得到了重视，两者在确权的目的、登记部门、保护期限等方面存在明显的区别。
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