一)申请表存在缺陷，包括：
1、软件全称不规范;
2、编程语言、软件环境、硬件环境、代码量、功能和技术特点有错误;
3、开发方式有误;
4、著作权人信息填写有错误等。
二)提交的源程序鉴别材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求;
2、程序中出现与申请人无关的他人信息;
3、申请人提供了图形程序等。
三)提交的手册鉴别材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求;
2、程序中出现与申请人无关的他人信息等。
四)其他材料有缺陷：
1、是否正确提供了非职务软件证明材料;
2、是否正确提供了LINUX申明;
3、是否正确提供了合作开发协议等。
软件著作权登记过程中，一旦上述材料提交有误，都可能最终影响材料的顺利受理，进而会发出补正通知书，要求申请人进行说明修改，在此期间，该材料会暂时不予受理。
如果在审查过程中，审查员一旦发现材料存在造假等行为，可能直接不予受理。
二、软件著作权办理流程是怎样的？
1、填写申请表
在中国版权保护中心网站上，首先进行用户注册，然后用户登陆，在线按要求填写申请表后，确认、提交并打印。
2、提交申请文件
申请人或代理人按照要求提交登记申请文件。申请文件包括:软件著作权登记申请表、软件的鉴别材料、申请人身份证明和相关的证明文件各一式一份。
3、缴纳申请费
申请文件符合受理要求时，软件登记机构发出缴费通知，申请人或代理人按照通知要求缴纳费用。
申请文件符合受理要求并缴纳申请费的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书及缴费票据。
5、补正程序
申请文件存在缺陷的，申请人或代理人应在规定期限内补正，逾期不补正的，申请将被视为撤回;经补正仍不符合登记办法的，登记机构将不予登记并书面通知申请人或代理人。
6、获得登记证书
如到登记受理大厅领取证书，应当在受理之日起30个工作日后，持受理通知书原件领取证书。如需邮递的，请在申请表中填写正确的联系地址。
以上四种情形是软件著作权登记中心不予受理的常见原因，但事实上，不同的人申请软件著作权登记都会遇到不同的情况，登记中心的工作人员也是根据国家规定的标准办理的。并非所有的人不予登记都仅限于以上四种情况，况且国家也规定，对于不予登记的具体原因就会告诉申请者的。
延伸阅读：
软件著作权登记费用需要多少？
计算机软件著作权登记收费标准
计算机软件著作权登记收费项目和标准是怎样的？
