两个合同的内容不一样，一个是中标的备案合同，一个是实际履行的施工合同当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因为合同备案后具有法律效应，所以备案合同与施工合同内容不一致，需要以备案合同为准来进行结算。
(1)、依据《招投标法》第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。
(2)、必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。《招投标法》第五条“招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。
(3)、必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。
合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。因为中标无效，前合同无效。因为工程项目为必须招投标的项目，后合同没有招投标也无效。
按照法律的规定，若工程经过招标、施工合同经过备案，则只能按备案合同进行结算。若备案合同有利，则可以签，否则的话，就不要签。一旦发生纠纷，一旦进入法律程序，则只能按备案合同结算工程款。
综上所述，施工合同备案价与实际合同，两种合同的内容完全不同，是为了防止在施工过程中，一旦放生纠纷，可以按照备案合同来进行结算，一般合同双方都是按照自治原则，使用实际合同。
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