施工合同是要在签订后才能进行备案。《招标投标法》第四十七条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
施工合同与备案合同不一致时，按照法律的规定，若工程经过招标、施工合同经过备案，则只能按备案合同进行结算。若备案合同对有利，则可以签，否则的话，就不要签。一旦发生纠纷，一旦进入法律程序，则只能按备案合同结算工程款。
无效合同自始没有法律约束力，不能产生当事人预期的法律后果。根据规定，无效合同的法律后果之一是返还财产，恢复原状。但由于建筑工程施工合同履行结果的特殊性，往往是承包方已经通过施工建设使得建筑材料已经形成在建工程或者甚至是竣工的建筑工程了。因此建筑工程施工合同无效的情况下，返还财产不太可能性，因此司法解释制定了相对灵活的解决方案：
(一)参照合同约定支付工程价款
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
这里要充分注意，只是“参照合同约定支付工程价款”，而非“按照”合同约定支付工程价款。也就是说支付的工程款不一定是实现约定的那个金额，也没有以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值的补偿原则。在这里，司法解释制定者是采用“折价补偿”的方式处理无效合同的。
(二)承包人承担修复费用
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但是修复后的建设工程经竣工验收合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，法院应予支持。
(三)不予支付工程款
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
(四)发包人按照过错承担相应的民事责任
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(五)收缴当事人已经取得的非法所得
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，在承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效。
霸王条款会造成当事人的利益受损，从法律角度来看，这样的合同条款都会被认定为无效，无效的合同是不能返还财产的。若双方的合同被认定为无效，可以按照约定支付工程款。
延伸阅读：
1、首先写明建设单位与施工单位信息。2、...
发包方(简称甲方 承包方(简称乙方 鉴于...
