超过两年时间如果没有法定条件和原因的，行政机关可以做出不予受理行政复议申请的决定，如果已经超出诉讼时效，也可能会丧失法院诉讼的胜诉权。
按照国家相关法律规定，行政相对人申请行政复议的期限应当是知道该具体行政行为之日起六十日内，如果超过该期限申请复议机关将会不予受理，从而丧失包括复议和诉讼等寻求救济的途径，因为行政诉讼提起的时间为知道具体行政行为之日起十五日内。
申请行政复议期限，是指认为具体行政行为侵犯了其合法权益的公民、法人或其他组织提出行政复议申请的有效期限。公民、法人或其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益时，只有在法定有效期间内提出行政复议申请，行政复议机关才予受理;否则，行政复议机关不予受理。
法律作出这样规定主要有两个目的：一是促使公民、法人或其他组织及时行使行政复议权，以使自己的合法权益得到及时、有效的维护;二是为了保证行政效率，及时处理行政争议，以使行政机关能够对快速发展的现代社会进行有效的管理。
相关法律依据：
根据《中华人民共和国行政复议法》第九条规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵害其合法权益的，可以自知道或应当知道该具体行政行为之日起六十日内提起行政复议申请。
行政复议基本原则，是指通过行政复议法所确立和反映的，贯穿于行政复议全过程，具体规范和指导行政复议的法律原则。
1、独立复议原则。
2、合法、公正、公开、及时、便民的原则。
3、一级复议原则。
4、复议不停止执行原则。
5、书面审理为主原则。
6、合法与适当双重审查原则。
综上所述，当事人对于行政机关做出的行政行为存在异议的，可以提交相关法律证据证明行政行为错误或者损害到自己的合法权益，经过向行政复议机关提出复议申请，但是必须符合法定条件并且在行政复议申请期限六十日内提出，至多可延长不超过三十日。如果超期作出的行政复议一般是无效的，复议机关可以做出不予受理的决定。
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