主债权因超诉讼时效丧失的只是胜诉权，并不消灭实体权利，抵押权作为效力更强的物权，因主债权诉讼时效已过而径行消灭，逻辑上是不能成立的，物权法定，物权消灭须有法定理由，主债权超诉讼时效非抵押权消灭法定理由;“受法律保护”与“受法院保护”不同，国家法律规定的是抵押权司法保护期，并非抵押权存续期间，主债权诉讼时效期满后，抵押权人丧失的是抵押权受法院保护权即胜诉权，抵押权本身并未消灭，胜诉权丧失一般等同于权利消灭效果，但二者有区别;作为“一般”之外的特殊情形，亦即超过抵押权行使期限，抵押人自愿配合履行，嗣后再反悔的，法院不再支持，即“自然”状态的抵押权在理论上存在并受法律保护。
由此可见，民事债权超过了诉讼时效，只是不受到法律支持和保护，但是并不能得出抵押权因此消灭结论，司法实践突破立法框架，过了主债权诉讼时效期间后，抵押权人丧失的是抵押权受人民法院保护的权利即胜诉权，而抵押权本身并没有消灭，如果抵押人自愿履行担保义务的，抵押权人仍可以行使抵押权。
就诉讼时效而言，其以请求权人怠于行使权利持续至法定期间状态为规制对象，目的在于让罹于时效的请求权人承受不利益，以起到促其及时行使权利之作用，依民法理论通说，其适用范围限于债权请求权。而就抵押权而言，其属支配权，并非请求权范围，更非债权请求权范围，如将抵押权纳入诉讼时效规制范围，无疑有违民法原理。
综上所述，抵押权的目的是用于担保债务履行，当债务人违约不履行或者没有能力履行债务偿还义务时，以确保抵押权人对抵押物价值享有优先受偿权。如果由于债权纠纷超过诉讼时效影响到抵押权，导致抵押权处于“自然”状态下，一概不加区分地不予保护抵押权人，必然造成不公平。
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