区别主要在于阻碍的行为方式和违法犯罪后果。
(一)、阻碍执行职务的行为方式和违法后果
阻碍执行职务行为是指行为人采取吵闹、谩骂、无理纠缠、侮辱、围攻、拉扯、撕毁封条、拒不接受检查等方法，故意阻碍国家机关工作人员执行职务的行为。
该阻碍行为没有使用暴力或暴力威胁手段，没有造成严重后果，尚不够刑事处罚，属于违法行为。
一般来讲，阻碍执行职务行为的认定包括主观上是否属于故意，客观上是否属于阻碍国家机关工作人员依法执行职务等。“依法执行职务”是指国家机关工作人员依照法律、法规规定所进行的职务行为。
《治安管理处罚法》第50条第1款第2项规定，阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处警告或者200元以下罚款;情节严重的，处5日以上10日以下拘留，可以并处500元以下罚款。第2款规定，阻碍人民警察依法执行职务的，从重处罚。
《人民警察法》第35条规定，阻碍民警执行职务的行为主要有：公然侮辱正在执行职务的人民警察的;阻碍人民警察调查取证的;拒绝或者阻碍人民警察执行追捕、搜查、救险等任务进入有关住所、场所的;
对执行救人、救险、追捕、警卫等紧急任务的警车故意设置障碍的;有拒绝或者阻碍人民警察执行职务的其他行为的。执法实践中，公安机关的辅警在正式民警的带领下协助执法，其行为是国家机关工作人员职务活动的组成部分，阻碍他们的行为也构成阻碍执行职务行为。
(二)、妨害公务罪的行为方式和犯罪后果
妨害公务罪是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员、人大.代表依法执行职务，或者在自然灾害中和突发事件中，使用暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责，或故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力，但造成严重后果的行为。
妨害公务属于犯罪行为，侵犯的是复杂客体，国家的正常管理活动是主要客体，国家机关工作人员的人身权利是随机客体。
妨害公务罪的认定要从三方面考虑：
一是犯罪行为必须发生在有权主体依法执行职务过程中;
二是有权机关实施的公务行为应当是合法的行为;
三是犯罪主体实施了足以对执行公务产生妨害的暴力胁迫行为。
妨害公务罪中所称“暴力”是指行为人对正在依法执行职务的国家机关工作人员的身体实施了暴力打击或者人身强制。
如殴打、伤害、捆绑等。所称“威胁”是指行为人以杀害、伤害、毁坏财产、破坏名誉等对正在依法执行职务的国家机关工作人员进行威逼、胁迫，企图迫使国家机关工作人员放弃执行职务。
综合上面所说的，妨害公务和阻碍执行职务是属于两种不同的犯法情形，阻碍执行职务一般是利用谩骂、无理纠缠等相关的方式拒不接受检查，这种是需要承担治安处罚，而妨害公务所存在的情形要严重一些，一般是会按犯罪来进行判决的。
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