不起诉和撤销案件是两种形式不同但法律后果基本相同的程序处理决定。做出不起诉决定和撤销决定后，都意味着程序上终止了对犯罪嫌疑人刑事责任的追究。因而适用的条件和对象基本相同，但是这两种处理仍然有一些不同之处：
(1)适用阶段不同。撤销案件只能适用于侦查阶段，不起诉则是在审查起诉阶段适用。
(2)适用对象不同。撤销案件只能由有权立案的机关作出，不起诉决定可以适用于自己立案侦查的案件，也可以适用于公安机关立案侦查的案件。
(3)使用的主体范围不同。不起诉只能由人民检察院决定，撤销案件既可以有人民检察院作出，也可以由公安机关作出。
(4)意义不完全相同。撤销案件具有明显的纠错性质，不起诉则具有不能追究、从宽处理和纠错的三种属性。
二、如何区分撤案和免于起诉
1.撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。中国《刑事诉讼法》第一百六十一条规定：“在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。
2.中国的人民检察院对已构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或可免除刑罚的被告人所作出的不提请人民法院审判而终结诉讼的处理决定。人民检察院对自己侦查终结的案件和公安机关侦查终结移送起诉的案件，均可作出免予起诉的决定。
因此两者概念不同，可通过这个区别。
以上可以看出，撤案和免于起诉两者间的区别还是蛮大的，前者由立案机关最后决定，哪怕双方和解，在一些严重性质的刑事案件都是不能够撤销的。而后者一般由检察院决定，但这又跟不起诉不一样，还请注意。免于起诉是人民检察院作出的处理决定，但就实际生活中，还是很容易将不起诉和撤销案件混为一谈。
延伸阅读：
法定与酌定不起诉区分是什么
存疑不起诉的情形都有哪些？
不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事...
相对不起诉后是否可以行政处罚？
相对不起诉后是可以行政处罚的。不受到起诉...
对受贿不起诉是否应慎重适用？
从严适用受贿犯罪的相对不起诉条件。根据我...
相对不起诉的适用情形有哪些
1、犯罪嫌疑人在中华人民共和国领域外犯罪...
