1.水库移民遗留问题较多。库区移民遗留问题集中表现为“五难”(吃水难、行路难、用电难、就医难、上学难)、“三缺”(缺耕地、缺吃穿、缺支柱产业)和“两差”(文化素质差、科学观念差)、“三无”(务农无地、上班无岗和低保无份)或者“全面贫困”(收入贫困、能力贫困和社会交际贫困)，形成“先进电站、落后库区、贫困移民”的强烈反差，补偿标准较低是造成遗留问题的主要根源。
2.征地补偿过程中的攀比强烈。一是新老移民的比较效应：老移民往往要求享有与新移民一样的补偿和扶持政策;二是同期的移民比较效应：水电工程移民在认为自己的补偿比同期其他移民低时，往往会采取极端手段要求提高补偿标准;三是“公益性与经营性”用地的比较效应：水电工程常被贴上“公益性”的标签，补偿标准较低，水电工程移民常常与其他经营性项目的补偿标准进行比较，并强烈要求与这些项目补偿标准相同。
3.补偿标准“同地不同价”问题突出。一是不同项目间同地不同价问题，由于水电工程与其他一般工程相比，在法定上的补偿标准存在着天然的差距;二是同一项目跨地区不同价的问题，由于大中型水电工程规模浩大、覆盖面广，特别是跨地区的和跨省的水电工程，征地补偿政策必须兼顾两省的实际情况，但跨省的地价差异，往往导致双方都难以满意。
补偿标准过低或差异诱发的群体性事件较多。 由于水电工程移民易产生贫困风险，直接威胁区域社会稳定。特别是当水电开发西移，涉及的民族构成复杂，如涉及特殊风俗习惯和宗教信仰的移民拆迁，一不小心就会造成严重的社会影响。
4.补偿标准的流域性方针导致协调性难度大。 我国水电工程建设实行“流域、梯级、综合、滚动”方针。要求流域各梯级电站征地补偿标准要具有协调性，包括流域不同时序、上下游、同公司或不同公司投资建设的水电站补偿标准的协调性。流域梯级电站开发使得水电站征地由“平面”向“立体”发展，涉及的移民数量多、规模大，征地补偿标准的协调难度较大。
1.法定征地补偿标准低于经营性工程征地补偿标准。2006年国务院修订的《大中型水利水电工程建设征地补偿与移民安置条例》第22条规定：“大中型水利、水电工程建设征地，其土地补偿费、安置补助费的总和不得超过其被征收前3年平均年产值的16倍”。显然水电工程法定征地补偿标准低于其他一般工程的“30倍”征地补偿标准。
2.补偿政策制定滞后。作为下位法的《大中型水利水电工程建设征地补偿与移民安置条例》，自1991年制定以来只有2006年修订过一次。2004年《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》要求征地补偿要做到“同地同价”，但到目前为止，国务院对水利、水电工程建设征地补偿实行统一年产值和综合区片价的规定尚未出台。多种征地补偿政策制定滞后性，也是移民不满意的重要因素。
3.行政性移民影响。主要体现在补偿标准行政决策的单向性上，当由政府单方面制定的补偿标准引起移民普遍不满时，政府往往会通过修改补偿合约的条款，而这种临时性的补偿标准修改非但没有带来法定价格条款变动，反而更增加了补偿合约的不确定性。
4. “产值倍数法”缺陷。用“产值倍数法”计算补偿标准，存在产值过于静态化，未考虑种粮补贴等转移性收入影响;产值计算以粮食作物产值为依据，未考虑经济作物对产值的影响等缺陷，必然会影响到补偿标准的提高。
二、解决相关问题的建议
其一，在法律法规上，建议国务院尽快修改完善《大中型水利水电工程建设征地补偿与移民安置条例》，减少与其他一般工程建设征地补偿标准差异。
其二，妥善处理移民遗留问题，减少老移民对国家和政府的依赖程度。
其三、政府应该转变角色，减少行政单方面补偿标准决策，让移民真正参与其中，补偿合约应该涉及其核心—价格条款，而不仅仅是使用条款。
