农村建设用地在有批准文件时可以自由建设厂房，但同时还要具备农用地转让手续。
根据我国《土地管理法》中规定:
1.严格控制农用耕地改为非耕地，占用农村土地单位必须经过相关程序审批手续，没有经过审批是禁止私自改变土地原有用途。
2.《土地管理法》中还有明确规定:任何个人或者单位进行建设并且需要使用土地，必须依法申请使用国有土地;
【经过批准的个人建设用地以及企业建设用地被依法批准的，不用再申请。】
【经依法批准建设公共设施以及公益性质的，不用再申请】
3.建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，应去办理【农用地转用审批手续】。通过以有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，在缴纳土地有偿使用费以及其他费用后，就可以使用土地了。
4.没有经过审批而占有农村集体土地的，村委会有权利撤销并收回土地;所以占有农民集体所有土地的，必须去申请批准文件。
预审申请表；
建设用地预审计划书(项目基本情况、占用面积、征地补偿费以及山地复垦资金的安排情况等)；
项目建议书、批准文件以及备案批准文件；
拟址项目如果是在地质灾害易发区，则还需要危害性评估报告。
2.以划拨方式供地的建设项目只有在取得《项目选址意见书》、有国有主管部门对建设项目用地的预审意见(和他相关文件)才可以去办理用地许可证;
3.取得《国有土地使用权出让合同》才可以办理建以出让方式提供的建设用地许可证;
4.取得国有特殊项目审批部门的批准、核准、备案的建设项目可以办理用地许可证;
5.建设项目涉及到国有部门的，需要拿到相关主管部门的意见书才可以办理用地许可证。
农村建设用地在有批准文件时可以自由建设厂房，但同时还要具备农用地转让手续。没有的话去申请否则即使占用了也会被依法收回。
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