下腹疼痛：子宫内膜异位下腹和下腰部疼痛最为明显，从月经来潮头两天开始，第一天最严重，表现为放射性疼痛，以后逐渐减轻。但是随着局部病变及病情延长，痛经会逐渐加重。加拿大麦吉尔大学妇产科专家托加斯·图兰迪博士表示，子宫内膜异位疼痛程度与病灶大小不一定成正比。一些晚期患者出现长期腹痛。容易被误诊为慢性盆腔炎，但多次抗炎治疗均无效果。
不孕：子宫内膜异位症是近年来发现的导致女性不孕的重要因素之一。美国马里兰大学医学中心妇科专家瓦莱丽·奥米西奥里博士表示，多项研究发现，子宫内膜异位患者不孕率可高达30%—45%。因此，如果育龄女性出现多年痛经或不孕，就应该检查是否发生该病。
月经失调：专家表示，大约15%的子宫内膜异位患者出现经血增多或经期延长，少数患者出现经前少量出血。新研究发现，12岁之前月经初潮，或者绝经过迟的女性，子宫内膜癌危险也更大。
性交疼痛或者性交不适：专家表示，这通常是因为异位的内膜发生于直肠子宫陷凹处或者因为病变导致子宫后倾固定。性交过程中，子宫病灶受到牵扯而引发疼痛，通常表现为深部性交疼痛，月经来潮前性交疼痛最为明显。
