有机黄秋葵允许使用的有机肥料，另外还包括有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料。有机黄秋葵种植时使用的有机肥在施前2个月需进行无害化处理，将肥料泼水拌湿、堆积、覆盖塑料膜，使其充分发酵腐熟。现将有机黄秋葵的具体施肥方法介绍如下。
(1)施肥量：有机黄秋葵种植的土地在使用肥料时，应做到种与培肥地力同步进行。使用动物和植物肥的比例应掌握在1∶1为好。一般每亩施有机肥3000-4000公斤，追施有机专用肥100公斤。
(2)施足底肥：将施肥总量80%用作底肥，结合耕地将肥料均匀地混入耕作层内，以利于根系吸收。
(3)巧施追肥：对于种植密度大可采用铺肥追肥方式，当黄秋葵长至3-4片叶时，将经过晾干制细的肥料均匀撒到地内，并及时浇水。对于种植行距较大、根系较集中的可开沟条施追肥，开沟时不要伤断根系，用土盖好后及时浇水。对于种植株行距较大的可采用开穴追肥方式。
