世界上没有只有治疗作用而没有副作用的疗法，心理治疗当然也不会例外。心理治疗的副作用，体现在以下三个方面，一是使患者停滞不前，二是使患者的病情加重，三是使患者增加了新的问题。
最常见的副作用，是使患者停滞不前。比如，一个依赖型的患者，把依赖的模式转移到医生身上，而这个医生没有察觉，下意识地在满足和鼓励患者的依赖模式，这将导致患者的依赖模式难以解决，治疗当然就会停滞不前了。还有的患者心理问题的核心是被动、习惯于接受别人的控制，如果恰好遇到一个习惯于控制别人的治疗师，患者和治疗师会形成“控制-接受控制”的病态同盟，这样的关系表面上似乎非常舒适，但是，患者的根本问题并没有得到解决，患者的人格没有得到发育和成熟。
第二种可能出现的副作用，是加重患者的病情，这样的情况，是非常少见的。通常发生在边缘型人格障碍的心理治疗。由于这些患者的心理防御机制比较脆弱，如果治疗强度过重，会使患者的防御机制崩溃，使病情一过性地加重。还有个别患者，存在着隐蔽很深的自虐心理，将心理治疗视为自虐的工具，这样的人，心理治疗在表面上越成功，他的受虐心理越得到满足，病情也就越重、越顽固。
第三种可能发生的副作用，是制造新的问题。这样的情况，将是非常罕见的。它通常发生在一个非常变态的医生和一个心理上非常幼稚的患者之间，是以医患双方严重的施虐受虐心理做基础的。这种情况似乎只是在西方的心理片中可以领略得到。
心理治疗的副作用，主要是来自于医生的不成熟。好在心理治疗是一种“自纠”过程，患者会本能地退出这样的治疗。而且，对心理医生督导制度的产生，也可以一定程度地避免心理治疗的副作用。所以，心理治疗和其他治疗比起来，还是属于安全度比较高的治疗，不必过分担心。
