土壤是有生命的自然体，超量及不合理的投入化肥，致使土壤失去自我调节能力，呈现养分收支不协调以至对立状态，会构成土壤环境恶性循环，直至严重危害人类安全。
不合理的施肥会造成化肥利用率降低，农产品品质下降，土壤农化污染日趋加剧。未经作物吸收利用的化肥会通过经流、淋溶、反硝化、 吸附和侵蚀等不同方式进入大气或沉留于土壤中，从而引发温室效应、水体富营养化和地下水硝酸盐含量超标，威胁农产品质量安全，造成农业生态破坏。为了减少化肥对土壤的污染，应该积极推广增施农家肥，采取措施扶持发展绿肥以提高地力，减少化肥使用，提高合理耕作土壤，增强土壤降解污染物的能力。
1.合理施肥是防治化肥污染的主要途径，最大限度地提高化肥的利用率，减少化肥的流失和挥发。
2.应逐步推广土壤诊断和植物营养诊断等技术，并进一步发展施肥新技术。还要逐步改善化肥结构，改变目前磷、钾比例失调及化肥中大多为单营养元素肥的状况，提倡使用复合肥料。
3.有机肥与无机肥相结合使用，要努力克服急功近利的短期行为，并从制度上加以保证，用经济手段加以引导。
4.合理的耕作措施，也是减少化肥流失、提高化肥利用率的重要途径。
5.严格检测化肥质量，防止有毒有害物质随化肥进入土壤。
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