2011年5月13日在《自然》杂志的一篇文章报道：“重编程细胞同源移植也会排斥”，美国加州大学圣地亚哥分校的研究者把由小鼠体细胞重编程的iPS细胞分化的成体细胞，移植到细胞来源的小鼠体内，本来以为遗传背景相同不会发生排斥，可小鼠却快速排斥移植来的细胞。这是个致命问题，会使细胞重编程的所有研究前功尽弃，因此，使直到目前为止，重编程技术只能应用在眼睛这种免疫豁免的器官。现在还不清楚造成排斥原因，可能原因包括:1.病毒抗原；2.基因突变；3.表观遗传学改变等等。
笔者认为细胞没有成熟，还处于幼稚的状态可能是根本的原因。例如，把早期的卵黄囊移植到免疫缺陷的成年动物之后，几乎没有细胞还具有增殖能力，可能是早期的干细胞在成年的环境下无法适应（Mvller等人，1994）；也有人把卵黄囊中的造血干细胞移植入成年动物无法增殖。但卵黄囊中的造血干细胞移植到胎肝进一步发育，然后从胎肝提取造血干细胞移植到成年动物就能够增殖；日本国立放射学研究所的研究人员让iPS细胞和ES细胞分别与小鼠胚胎融合，使其发育成为嵌合体小鼠。随后他们将这些小鼠的皮肤和骨髓移植到基因相同的小鼠体内，并未发现任何强烈的免疫应答。取得这些成功的案例可能都是因为幼稚的细胞进一步发育成熟的结果。
NK细胞的基本功能就是消灭具有主要组织相容性复合物MHC（MHC也称为人白细胞抗原（HLA））的 I 类分子的表达减少或缺失的细胞。即MHC-I 类分子正常，KIR表达正常，NK细胞就不工作；MHC-I 类分子下调，KIR表达也下调，NK细胞可以杀伤。对于正常的细胞而言，他们会表达足够量的MHC-I 类分子，从而会降低NK细胞的活性，避免自己被误杀。而癌细胞在生长发展的早期，大部分情况下都会选择降低MHC-I 类分子的表达，从而避开免疫系统的监视，然而，这种调节会激活NK细胞，让NK细胞在早期就发现并清除掉癌细胞。
而未成熟的重编程细胞可能会和癌细胞一样选择下调MHC-I 类分子，这样就会激活NK细胞，把重编程的细胞清除掉，从而导致重编程的治疗方案失败。据此笔者认为，为了避免个体对重编程的细胞产生免疫排斥，可以在体内短时重编程的时同时抑制NK细胞的激活，或体外把短时重编程或iPS细胞分化的成体干细胞，再培养一段时间让细胞成熟后再移植到体内。-原创：黄必录
