3、情节恐怖
不过，比起配乐，情节才是最让人细思恐极的。第一集玻璃城里，来克进了密闭空间(玻璃棺材)，还被强光照射，这种情节，别说国产动画，国产恐怖片都很少会涉及到，更不要提后面那么多玻璃人的断肢截肢画面了。除此以外，瞬间衰老、人间大炮、罐头关人、重复演奏这些情节，每一个都让人细思恐极。
除了剧情之外，《魔方大厦》还有一个耐人寻味的点是它的制作集数。动画版原计划制作26集，但因内容问题最终被混剪成10集播放，后再次因为内容问题改为只播放前10集，之前混剪版10集播放无限期中止，至今仍未播出过完整26集内容，最终只拍到第十集就强行一个再见结束了。
官方给出的理由是人才流失和制作经费不足，但是实际原因就不得而知了。但是，有不少网友都有自己看过《魔方大厦》结局的记忆。如果是某个人的记忆因为是时间久远出现了混乱还可以理解，但是不少人都同时出现了记忆混乱，原因就很耐人寻味了。
郑渊洁在访谈里面提及过，《魔方大厦》会成为大家的童年阴影是他完全没有想过的事情。如此一来，可见，《魔方大厦》呈现出来的所有诡异都不是郑渊洁的本意。正因为这种种因素，加上近年来网络上口耳相传的讨论，《魔方大厦》童年阴影的形象也越来越巩固了。
