犯罪嫌疑人认罪认罚的情况下，如果因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。但如果是因犯罪情度节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的仍会有案底。法律依据：《刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的版;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没权有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
认罪认罚了不能无罪辩护了。犯罪嫌疑人签了认罪认罚书，辩护律师就不能再作无罪辩护了。如果律师作无罪辩护，认罪认罚书就失去意义了，法院就不会按照认罪认罚书进行处理，而是按照不认罪进行判决了。侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当告知犯罪嫌疑人享有的诉讼权利，如实供述自己罪行可以从宽处理和认罪认罚的法律规定。
《刑事诉讼法》
第一百七十四条
犯罪嫌疑人自愿认罪，同意量刑建议和程序适用的，应当在辩护人或者值班律师在场的情况下签署认罪认罚具结书。犯罪嫌疑人认罪认罚，有下列情形之一的，不需要签署认罪认罚具结书：
(一)犯罪嫌疑人是盲、聋、哑人，或者是尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人的;
(二)未成年犯罪嫌疑人的法定代理人、辩护人对未成年人认罪认罚有异议的;
当事人因为做了触犯法律的事情被公安机关抓获，在侦查期间主动的交代犯罪事实，有悔罪的态度认罪认罚，司法机关在对于当事人作出判决时会考虑从宽处理，在审理期间辩护人也不能做无罪辩护。
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