行政部门公职人员被批捕后一般不可以开除。法院定罪原则是指未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。对公务员的处分，应当事实清楚、证据确凿、手续完备。
法律依据
《行政部门公务员处分条例》第十七条
违法违纪的行政部门公务员在行政部门对其作出处分决定前，已经依法被判处刑罚、罢免、免职或者已经辞去领导职务，依法应当给予处分的，由行政部门根据其违法违纪事实，给予处分。行政部门公务员依法被判处刑罚的，给予开除处分。
《刑事诉讼法》第十二条
未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。
二、拘留与批捕有什么区别？
1、适用条件不同
(1)拘留的条件是：拘留的对象是现行犯或者重大嫌疑分子；有法定的某种紧急情形。上述两要件，只有同时具备、才可拘留。
(2)逮捕的条件是：有证据证明有犯罪事实;可能判处徒刑以上的刑罚；采取、监视居住等方法尚不足以防止发生社会危险性，而有逮捕必要的。
以上三个条件必须同时具备才能逮捕。
2、有权决定拘留，与有权批准、决定逮捕的机关不完全相同。
一般刑事案件由公安部门决定和执行。人民检察院直接受理的案件中，需要拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安部门执行。
3、羁押的期限不同。
拘留的羁押期限，通常为14日，最多为37日；逮捕后的侦查羁押期限为2个月，遇到特殊情形的，可以延长。
因此说，行政部门公职人员被批捕后是不能开除的。只有犯罪嫌疑人有罪时，人民法院才能对其进行定罪量刑，如果犯罪嫌疑人没有罪的，人民法院是无权对其进行定罪。行政部门如果对公职人员处分的，必须事实清楚、证据确凿、手续完备。
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