合伙人之间合伙合同纠纷涉及违法项目法院会处理，只不过根据不同的情况会做出不同的处理的方式，人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条
人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人;不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理;原告对裁定不服的，可以提起上诉。
第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。二、在合伙协议纠纷中的注意事项是什么?
1、掌握合伙的最本质特征。个人合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等合伙经营、共同劳动。并要求合伙人对出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项，订立书面协议。合伙的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任。这就是说，做为合伙，最显著的特点就是共同出资、共同经营、共担风险、盈亏与共。
2、合伙协议不允许约定一部分人只享受利益，不承担风险。《合伙法》第三十三条合伙企业的利润分配、亏损分担，按照合伙协议的约定办理;合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定;协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担;无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
3、合伙人退伙，必须经过全体合伙人同意，如果不经同意，因退伙给合伙人造成损失的要赔偿。合伙协议未约定合伙期限的，合伙人在不给合伙企业事务执行造成不利影响的情况下，可以退伙，但应当提前三十日通知其他合伙人。
4、全体合伙人对合伙的外部债务承担连带责任。也就是说合伙对外有债务时，以合伙财产承担，合伙财产不足以清偿债务时，全体合伙人以自己个人财产承担责任。
5、合伙投入合伙的财产和合伙积累的财产归全体合伙人共有，共同管理，共同经营。
6、合伙的经营活动由全体合伙人共同决定，合伙人有执行和监督的权利。
7、合伙人散伙时在清理完各种税款后，清理对外债务，仍有剩余时，退还各自投资，还有财产时分取利润。
在我们现实生活当中，如果产生一些纠纷选择向人民法院起诉的情况之下，法院会对于双方当事人争议的焦点，还有就是根据双方当事人所提交的证据还有就是争议的焦点来进行判决的，当然了，如果是属于合伙方的纠纷，存在着违法项目的话，会移送给有关部门处理。
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