施工合同备案要经过网上申报-办理备案手续和正式签发合同备案表的流程。
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
施工合同即建筑安装工程承包合同，签订的主要目的是为了明确责任，分工协作，共同完成国家建设项目的设计任务，且签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提。
1、签订建设工程施工合同，必须以建设计划和具体建设设计文件已获得国家有关部门批准为前提。签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提，这是由于建设工程施工合同的标的物为建筑产品，需要占用土地，耗费大量的资源，属于国民经济建设的重要组成部分。凡是没有经过计划部门规划部门的批准，不能进行工程设计，建设行政主管部门不予办理报建手续及施工许可证，更不能组织施工。在施工过程中，如需变更原计划项目功能的，必须报经有关部门审核同意。
2、承包人主体资格受到严格限制建设工程施工合同的承包人，除了在经工商行政管理部门核准的经营范围内从事经营活动外，应当遵守企业资质等级管理的规定，不得越级承揽任务。
3、签订及履行施工合同受到国家的严格监督管理。
《民法典》第七百八十八条规定：“建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。”
《建筑法》第十五条规定：“建筑工程的发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务。”
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”
施工合同备案是法律上施工单位和建筑单位双方当事人在法律上必须要走的程序，在正式签署施工合同一周的时间内，双方就应按规定到有关行政机构进行必要的备案手续和流程。只有征得有关国家政府机构的许可和备案后，才能正式运行施工合同的内容。
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