依据《建设工程司法解释(一)》第二十一条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。需要注意的是，《建筑法》和《招投标法》等法律中并未规定建设工程施工合同的备案制度。备案制度仅在行政规章中有过规定，且已经取消。因此无论是必须依法进行招标投标的工程，还是非强制招标投标的工程，当事人通过招标投标的方式进行发包与承包，并根据招标投标结果签订了建设工程施工合同才是重点，与是否备案无关。如果是非强制招标投标工程，实际上也没有进行招标投标，当事人双方仅是签订施工合同并进行了备案，那么当实际履行的施工合同与备案合同实质性不一致时，并不能当然地以备案合同为结算依据。
如果施工备案合同跟正式合同不一样，按照法律的规定，若工程经过招标、施工合同经过备案，则只能按备案合同进行结算!若备案合同对有利，则可以签，否则的话，就不要签。一旦发生纠纷，一旦进入法律程序，则只能按备案合同结算工程款!
1、签订建设工程施工合同，必须以建设计划和具体建设设计文件已获得国家有关部门批准为前提。签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提，这是由于建设工程施工合同的标的物为建筑产品，需要占用土地，耗费大量的资源，属于国民经济建设的重要组成部分。凡是没有经过计划部门规划部门的批准，不能进行工程设计，建设行政主管部门不予办理报建手续及施工许可证，更不能组织施工。在施工过程中，如需变更原计划项目功能的，必须报经有关部门审核同意。
2、承包人主体资格受到严格限制建设工程施工合同的承包人，除了在经工商行政管理部门核准的经营范围内从事经营活动外，应当遵守企业资质等级管理的规定，不得越级承揽任务。
3、签订及履行施工合同受到国家的严格监督管理。国家对建设工程项目的发包实行招标投标制度。《招标法》第三条规定：“中华人民共和国境内进行工程建设项目必须进行招标。”第四条规定：“任何单位和个人不得将依法必须进行招标的项目化整为零或者以其他方式规避招标。
4、建设工程施工合同实行备案制度。建设部《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案。在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。
总的来说，施工合同成立后需要备案。因此，施工合同与备案合同必须是相同的。只要合同备案成功，合同信息就会出现在系统中，以保护他们的合法权益。因此，双方在签订合同时需要多协商，以保护自己的权益。
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