土地出让金合同违约金核算方法为：《中华人民共和国民法典》第五百八十五条第1款规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。所以，违约金具有惩罚性的特征，它不以非违约方遭受损失为前提。一般来说合同违约金上限是不超过实际损失的50%。但是如果过高或者过低是可以请求法院给予减少或者增加的。
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条第2款规定：约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求法院予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院适当减 少。但是违约金是当事人双方在订约时对一方违约后可能造成的损失的一种预先估算，与违约后守约方的实际损失不可能完全相符;故此可交由法官自由裁量。法律规定预定违约金，除了给当事人施加心理压力外，也避免了违约后损失计算的麻烦和当事人证明损失大小的麻烦，使当事人能迅速确定自己应当承担的具体责任。因此，当事人如需要法院增加违约金额、或者当违约金过分高于损失时，则需承担证明损失大小的责任。
土地出让金又可分为地面价与楼面价两种计算方法，地面价为每平方米土地的单价，即以出让金总额除以土地总面积;楼面价为摊到每平方米建筑面积的地价，即以出让金总额除以规划允许建造的总建筑面积。投资者往往以楼面价来计算投资效益。因为地面价不能反映出土地成本的高低，只有把地价分摊到每平方建筑面积上去核算，才有可比性，也易于估算投资成本，进行估算投资效益。一般认为建高层可摊属地价，实际上并非如此。因为土地出让金是按建筑面积计收的。
土地出让金，是指各级政府部门将出让给土地使用者，按规定向受让人收取的的全部价款(指土地出让的交易总额)，或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款，或原通过行政划拨获得土地使用权的土地使用者，将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按规定补交的土地出让价款。
土地出让金不是简单的地价。对于住宅等项目，采用招标、拍卖的方式，可通过市场定价，土地出让金就是地价。可是对于经济适用房、廉租房、配套房等项目，以及开发园区等工业项目，往往不是依靠完全的市场调节，土地出让金就带有税费的性质，是定价。
土地出让金，实际上就是土地所有者出让土地使用权若干年限的地租之总和。现行的土地出让金的实质，可概括为它是一个既有累计若干年的地租性质，又有一次性收取的似税非税性质的矛盾复合体。土地出让金具有地租而非税性质。税收是国家作为管理者对纳税人为国家缴纳的经济义务，具有强制性、无偿性和固定性。土地出让金，将累计若干年地租总和，采取一次性收取，则又似有税收的非租性质。土地出让金自身就是这样一个内在矛盾的复合体。也就是说，土地出让金，是租非税，似税非税。
所以说，土地出让金合同违约金的核算方法是签订合同的双方当事人可以约定当一方违约时应根据违约的情况向对方支付一定金额的违约金，同时当事人也可以与对方约定违约金的计算办法。另外土地出让金的意思是政府部门将土地出让给土地使用者，按照规定给付给土地使用者的费用。
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