土地承包合同纠纷违约金可以通过双方当事人签订的合同来进行确定，或者根据实际损失确定。发生纠纷之后，诉讼程序如下：
1、准备好民事诉讼状。
2、到具有管辖权的人民法院起诉，并提交相关的证据材料。
3、按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。
4、若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。”
二、土地承包的合同应该包含哪些内容?
1、土地的面积、位置。土地承包的具体面积，以公顷或亩为单位计算。承包地块的位置、座落，边框四至，附位置图。同时标清土地类型。
2、土地用途及承包形式。土地承包的具体用途，如林种植、养殖及相关农业开发。承包形式是合伙或个人承包经营。
3、土地的承包经营期限。该地承包经营期限为年，自_____年____月____日至_____年____月___日止。
4、承包金及交付方式。该土地的每亩每年承包金(人民币)，承包金每年共计金额;元。乙方向甲方一次性全额交纳承包经营期限承包金合计金额。
5、地上物的处置。如果承包区域内有地上物及其他植被，双方要约定在承包经营期内所建设、种植之地上物所有权归属。
6、甲乙双方的权利和义务。
7、合同的转包。
8、合同的变更和解除。
9、违约责任。
10、合同纠纷的解决办法。
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。所以，违约金具有惩罚性的特征，它不以非违约方遭受损失为前提。
在我们的现实生活当中，双方当事人是可以关于合同的违约行为作出非常明确的规定，比如说一旦发生违约行为，对方应当承担的违约责任以及具体的违约金的计算方式等等。比如说土地承包合同发生纠纷之后，违约金是可以由双方当事人协商确定。
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