申请审计部门行政强制执行期限是，行政决定履行期限届满后的三个月内。
第五十三条 当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行行政决定的，没有行政强制执行权的行政机关可以自期限届满之日起三个月内，依照本章规定申请人民法院强制执行。
(一)强制执行申请书;
(二)行政决定书及作出决定的事实、理由和依据;
(三)当事人的意见及行政机关催告情况;
(四)申请强制执行标的情况;
(五)法律、行政法规规定的其他材料。
强制执行申请书应当由行政机关负责人签名，加盖行政机关的印章，并注明日期。
(一)加处罚款或者滞纳金;
(二)划拨存款、汇款;
(三)拍卖或者依法处理查封、扣押的场所、设施或者财物;
(四)排除妨碍、恢复原状;
(五)代履行;
(六)其他强制执行方式。
1、目的不同。
行政强制执行的目的在于强制相对人履行义务或达到与履行义务相同的状态;行政强制措施的目的则是使相对人的人身与财产保持一定的状态，从而预防、制止或者控制正在发生或可能发生的违法行为或危险状态。
2、前提不同。
行政强制执行的前提是法定义务人不履行法定义务;行政强制措施不以行政相对人不履行法定义务为适用条件，而是以危害社会的行为或事件的发生为前提。
3、动因不同。
行政强制执行的起因只能是义务人负有不作为义务而作为或负有作为义务而不作为的行为;而行政强制措施的起因，既可以是危害社会的行为，也可以是危害社会的某种事件的发生，甚或是某种状态的出现。
4、实施主体不同。
行政强制执行的实施主体包括行政机关和人民法院;行政强制措施的实施主体只有行政机关。
5、结果不同。
行政强制执行的结果是以义务人履行义务或达到与履行义务相同状态而结束;行政强制措施在情况调查清楚后，经认定不需要继续实施行政强制措施的，应该解除强制、恢复原状，经认定需要继续实施强制措施的，应依法采取相应的处理决定。
由此可见，申请行政强制执行也是有时间限制的，行政部门在申请强制执行时，需要准备申请书，行政决定书等有效材料，在正式向法院申请行政强制执行前，应该先对行政相对人履行催告义务，如果法院决定采取行政强制执行措施，对行政相对人还是有一定影响的。
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