十三世纪蒙古帝国跟吐蕃宗教国有属主关系，十四世纪时，蒙古政权被逐出长城，吐蕃跟蒙古的联系也告断绝。后来，不知道什么原因，吐蕃的名字消灭，而被称为乌斯藏。到了十七世纪，又不知道什么原因，乌斯藏的名字也消灭，而改称为土伯特。
土伯特则分为四区：
一、藏(后藏，今西藏西部)
二、卫(前藏，今西藏中部)
三、喀木(也简称康，今西藏东部及四川省最西部)
四、青海(青海湖及柴达木盆地，二十世纪二十年代改称青海省)。
公元1644年清朝入关。在西藏五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措，得到信奉格鲁教派的新疆、青海蒙古和硕特部首领固始汗的支持。固始汗率蒙古军从青海入藏，经过一系列作战，并与五世达赖喇嘛属下的人员一起谋划，于公元1642年推翻了统治卫藏二十多年的日喀则噶玛噶举教派的藏巴汗政权，开始取得格鲁派在藏区的优势地位，在拉萨建立起“甘丹颇章”这一格鲁教派的权威机构。此举震动了全藏。当时，卫藏地区局势动荡不定，噶玛噶举派的僧众和藏巴汗政权的残余势力仍在许多地方掀起叛乱，反对格鲁派和甘丹颇章权力机构。
固始汗和甘丹颇章采取了巩固政权的各项措施，除派兵镇压各地叛乱外，一是在拉萨与喇嘛人多势众的哲蚌、色拉两寺紧密联系，二是动工重新修建宏伟的布达拉宫以示威慑，三是寻求新近入主中原的清廷作为靠山。清朝当时一方面还顾不上直接统治西藏这类边远地区，一方面又需应付尚未很好归附的蒙古各部的威胁。决定拉拢五世达赖喇嘛和固始汗，使之归附朝廷，于是顺治皇帝邀请五世达赖喇嘛赴京。公元1652年(顺治九年)，五世达赖喇嘛经过长途跋涉，于年底到达北京，顺治皇帝对五世达赖喇嘛进行正式册封，
颁赐金册金印。此后，历世达赖喇嘛都必须经过中央政府册封，成为一项制度。
五世达赖喇嘛取得清帝的上述重大支持，特别是受到正式册封，返藏以后，使格鲁教派的统治地位和甘丹颇章机构的权力大大加强，达赖在全藏也更有号召力。
公元1661年，顺治皇帝逝世，康熙皇帝即位，仍然大力支持达赖、班禅两喇嘛为首的格鲁教派，每年均派人到西藏看望达赖喇嘛，朝廷与西藏地方的关系不变。
1682年，达赖五世逝世，最高执政官桑结秘不发丧，仍用达赖的名义，为自己向中国请求封号，清政府不知道内情，就加封桑结为土伯特国王。桑结跟当时准噶尔汗国的噶尔丹可汗，秘密结盟。噶尔丹对库伦(蒙古乌兰巴托)活佛的指责和对外蒙古的攻击，都是桑结出的主意。
直到一六九七年，噶尔丹自杀，清廷才知道一直是桑结从中捣鬼，向桑结责问达赖何在，并暗示要派遣军队去勘察达赖的生死。
桑结国王才恐慌起来，急急忙忙找了一位名札阳嘉穆磋的十五岁灵童(这时候达赖五世已死了十五年，所以这个达赖六世必须十五岁，表示他已转生十五年)，宣称他就是化身，举行坐床大典。桑结向清政府报告说，他秘不发丧的目的只不过为了安定民心。清政府知道他在胡说八道，但没有追究。
当时西藏的政治形态是：三巨头并立。土伯特国王桑结主持行政，喇嘛教主达赖六世主持宗教，和硕特汗国王子拉藏汗(固始汗的曾孙)主持军事。
