一、施工合同备案吗怎么来的？
施工合同现在是不需要进行备案处理的。
（一）到工程所在地政务服务中心建委窗口登记领取办理合同备案表格。
（二）按目录准备相关资料及刻电子数据光盘。
（三）提交资料给政务服务中心建委窗口。一般只要资料齐全且符合要求。3个工作日内就可以办理好合同备案。
二、施工备案合同和补充协议哪个为准？
（一）依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“解释”)第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。
应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑合同的，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。
理由：
依据《招投标法》
第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。
（二）必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。
理由：
《招投标法》第五条“招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。
（三）必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。
上述合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。
施工备案合同如果和补充协议发生了争议的话，一般是以施工备案合同为准的，因为施工备案合同是进行了备案处理的，更加具有法律效力的。
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