在庆贺了自己２０岁的生日之后，尼采同朋友杜森以及杜森的一个表兄弟一同去了波恩，他将在那里上大学。几个年轻人没有急于赶路，而是尽情地欣赏着一路上的大好风光，尽情地放松自己。在中学和大学之间这种完全无人管束的状态给了他们一种获得彻底解放的感觉。
这三个未来的大学生在莱茵河边的一个小镇上逗留了一天，他们骑马到乡间去游览。平时不喝酒的尼采这次啤酒喝得多了点，已经很有些醉了。他在马背上比划着马的耳朵，突然向杜森他们喊道：“嗨，你们瞧，这家伙不是马，而是一头驴！”
“不对，这是一匹马！”杜森和他的表兄弟异口同声地反驳道。
尼采又仔细地打量了自己的坐骑半天，带着十分可爱的执拗神情坚持说：“不对，这的确是头驴！”
在“指马为驴”的吵闹之中他们回到住宿的镇上。这三个年轻人仍然旁若无人地大声嚷嚷着，让街道两旁循规蹈矩的居民们深觉反感。更有甚者，尼采歌兴大发，用柔和的颤音唱起了优美的情歌，引得小镇上的姑娘们纷纷来到窗前，透过窗帘偷偷窥探这支队伍，看是哪一个小伙子竟有如此美妙的歌喉。
终于一位年长的本地人忍无可忍，冲了出来，向他们大声斥责，要求他们检点自己的行为，并威胁说要把他们这些轻浮之徒赶出镇去。这样，年轻人的兴奋才稍稍得到抑制，他们回到自己的旅店房间。
波恩大学应该算是德国一所名牌学校了，特别是在古典语言学方面，享有国际声誉。弗里德里希·里契尔和奥托·扬是这一学科的权威，培养了许多杰出的学者。
尼采打算在这里攻读神学和古典语言学。
进入波恩大学后，尼采面临着一个选择：他是否参加本校的学生会组织？这种学生会组织主要是社交性质的，不参加就意味着把自己排除在学生社交活动之外。
正如面临其它许多大事一样，尼采在这个问题上仍然是处于两难选择之中：按其本性来说，他不喜欢参与这种人数众多的组织活动，宁可孤居独处，或与二、三朋友交往；另一方面，他又认识到这或许是自己的一个弱点，初来一地应该处理好人际关系。
从普夫塔来的学生几乎全都参加了这个组织。经过再三考虑，最后尼采决定参加进来。在给母亲、妹妹和戈斯多夫的信中他都表示：这样做对于他来说是放弃自己的个性，但这样做是必要的。
刚开始这段时间，尼采力求让自己完全投入到学生集体活动中去。聚会、跳舞、在水上荡舟、在月下欢歌、……尼采全都参加了。为了认同当时的风气，他还主动要求与一个同学决斗。结果是让自己的鼻梁受伤，在床上躺了两三天。这类做法不禁让人想起他在普夫塔中学干的蠢事：把燃烧的煤块放在手上以证明古希腊人情况的真实，同时也证明自己的勇气。
交往的伙伴中有不少是音乐爱好者，而尼采在其中已经小有名气。按他给母亲的信中的说法，他被视为音乐权威。在与同学交往中，他发现自己并不令人讨厌；只是在伙伴们看来，他有时显得有点怪，喜欢嘲弄人。总的来说他还是一个挺逗人乐的好伙伴。
但没有很长时间他就厌倦了这种学生组织的社交活动。在同别人打交道时，他得时时压抑自己的本性，戴上假面，装出一副高兴的样子来，实际上他心里常常是不高兴的，很想发脾气。即使是他所喜爱的音乐，也不能把他同伙伴们长久地联系在一起。与其同这些萍水相逢的伙伴醉酒狂歌，倒不如独自一人浅酌低唱。
他开始感到参与这些活动是浪费时间，对自己的行为很不满意。尼采凡事都要讲个理由，他在给戈斯多夫的信中说：“习惯是一种强大的力量，当一个人对日常生活中出现的有害东西失去了本能的怀疑时，他已经在很大程度上走入歧途了。”他不想再压抑自己的本性与同学虚与委蛇，于是退出了学生组织，几乎不与任何同学来往，把自己放逐于群体之外，开始让自己处于完全的孤独之中。
这种做法跟他在小学时宁肯一个人冒雨在街上慢慢行走而不肯随众逃离暴雨之厄一样，充分表现了他的个性特征：做自己想做的事，不合群，不符合大众。这种思想和行为方式贯穿了尼采的一生。
处于孤独之中，正好专注于精神生活，尼采开始把注意力全部放到学业上。他在大学主要选修古典语言学、神学、哲学、艺术史方面的课程。由于在普夫塔中学打下坚实的基础，尼采对于课程的学习并不感到困难。经过普夫塔后期由博而约的学习趋向后，现在在尼采身上，又有由约而博的反动趋势，他的探究兴趣比较广泛。
给尼采上语言课的是著名语言学家里契尔教授。他慧眼识人才，很快就发现尼采是个颇有天赋的苗子，因此特别钟意于这个学生。他劝尼采全力以赴攻读语言学而不要旁骛其它，“如果你想成为强有力的人物，就得获取某种专长。”这话深深打动了尼采的心。
在里契尔的教诲下，尼采决心对自己的广泛兴趣有所控制，他在神学和哲学方面花的时间减少了，也不再去创作那些优美的乐曲，开始埋头于大量的古典语言学文献，打算写出特别有分量的论文来。
整个大学期间和随后一段时期，里契尔教授对于尼采的命运有着特别重大的影响。是他使尼采最终下定决心专注于语言学研究，并在他的指导下成为脱颖而出的语言学新秀。但这种学术上的前程对于我们的尼采到底是好事还是坏事呢？这的确是不能一下子说清楚的。有一句中国成语是“成也萧何，败也萧何”，这话用在里契尔教授身上很贴切。
这年圣诞节尼采没有回家，第一次在外度过，有“每逢佳节倍思亲”的伤感。同时他利用这段时间静下心来反省一下自己。在给母亲的信中尼采写道：“在这些时候，我习惯于把自己过去一年里所写的手稿和信件重新翻出来，并且仅仅为自己记下一些感受。在这一两个小时里，我好象超越了时间，延长了自身的存在。在对过去作这种简短而实在的回顾后，我会更坚定地在人生道路上勇往直前！”
新的一年开始了。一个值得一提的事件是：２月份，尼采去科隆游玩，让一个仆人为他带路。他本来是想找一家饭馆吃饭，却被仆人误领入一家妓院。
这事发生的第二天，尼采向杜森描述了这个可笑的事件，特别是他从妓女的包围中逃出来的情景：“我突然发觉自己被半打浓妆艳抹的动物包围，她们都以期待的眼光注视着我；在一刹那间，我站在她们面前，完全惊呆了。后来，好象受本能的驱使，我走到钢琴旁──这是在这一群中唯一有灵魂的东西──弹了一两个和弦。音乐使我的四肢活动得以恢复，就在这一瞬间，我跑出门外。”
有的研究者认为，尼采若干年后猛烈发作的疾病可能与这次遭遇有关；他们怀疑尼采在妓院中已经与妓女发生肉体关系，由此染上性病，埋下日后发作的种子。这种推测似乎没有什么根据。从尼采本人对杜森的叙述中，我们看不出有发生这种情况的可能。就尼采的性格而言，他也不可能在事情发生的第二天编一套谎话来向朋友报告，顶多只会对事情保持缄默；要么就和盘托出。
通观尼采一生的史实，没有发现他以后再去妓院的事情。就尼采具有洁癖的性格和气质看，他似乎也不可能去干这样的事情。而且一般的说，尼采一生未婚，我们也没有发现同他有过性爱关系的女性。虽然不能肯定他一生之中完全没有同异性的性活动，总起来说，他通常是处于性压抑之中的。这特别是透过他后期的一些作品可以得到反应。他说：“什么是男人的贞洁？就是他的性欲永葆高贵；就是他在性欲发作的时候，不喜欢野蛮、病态，也不喜欢明智。”（《８０年代遗稿选编》）这应该是他的夫子自道，他以男人的贞洁自命。
另一方面，他在自传《看哪这人》中又说：“宣扬贞洁就是公开煽动违背自然的行为。任何对性生活的蔑视，任何用不贞洁这个概念玷污性生活，都是对生命的犯罪──都是违背生命这个神圣精神的罪行。”他还以行为放荡的色鬼兼酒鬼、半人半羊的萨蹄尔自命。
单从这些话看，尼采在性方面似乎是很开放、很随便的。实际上刚好相反，在同异性交往中，一旦希望形成亲密关系时，他就变得十分拘谨。文人往往有这个特点：越是实际上做不到的事情，口里嚷嚷得越是厉害。尼采就是这样。这恰恰说明他在性生活方面常常处于一种压抑状态。
这年４月尼采回家过复活节。这时他已经不愿意参加任何宗教仪式，尽管母亲一再劝说，他还是拒绝领取复活节圣餐。他爱自己的母亲，不愿意违背她的意愿，但在宗教信仰这样的大事上，他一定要按照自己的意志行事。这是他对基督教持怀疑态度的表现。
尼采这时只是对基督教的教义产生怀疑，还没有达到从根本上否定基督教、否定上帝存在的程度。老朋友杜森来信表示同意大卫·施特劳斯在《耶酥传》中的观点，即否定耶酥基督的存在。而尼采的回信说：“这里有个严重后果：如果你要否定基督耶酥，你就得同时否定上帝。”而这一步，对于尼采来说，是不会轻易迈出的；一旦迈出，他也就不会再退回来了。
尼采在积极思考，但对于作出结论，他持十分慎重的态度。正像小的时候那样，每当有不解的难于决断的问题，他就一个人默默地躲在一个角落里思索，不想清楚就不出来。在一些大问题上，现在他还处于没有完全想清楚的状态。
但有些东西他又是看得很清楚的。６月，给妹妹的信中，他谈到宗教信仰与追求真理的关系问题。尼采说：“如果我们从小就相信灵魂的拯救不是依赖于基督而是别的某人，比如穆罕默德，我们无疑也会感到同样被赐予幸福。显然是虔诚本身而不是虔诚背后的目的传递了福音。真正的虔诚必有所得。它会给信奉者所期待的一切，但它不能为说明客观真理提供任何帮助。”
在尼采看来，信仰某种东西要比探究真理容易得多。信仰总是被亲友和许多杰出人物视为真理，无论它是否真是这样；它植根于我们的生活，是我们习惯的东西，给我们带来安慰。
而对真理的探究却是一条艰难的道路。我们在怀疑和孤独中斗争；由于精神苦闷，由于一反平素习惯的东西，我们往往将自己置于绝望的境况。即使这样，我们仍须不停息地探索通往真善美的新的道路。
尼采认为，一个真正的探索者，不应该去恢复那些我们熟悉的关于上帝、现世与赎罪的种种观念，而应该指向某些全然不同的东西；他要获得的不是安宁与幸福，而是真理，哪怕这真理是痛苦的、可怕的。
最后尼采对妹妹说：“人生的道路就有这样的不同：如果你祈求灵魂的安宁与幸福，就去信仰吧；如果你要做一个真理的追求者，就得去探索！”
显然，尼采本人是坚定不移地走探索者的道路，决不会成为一个盲从的信仰者，即使他早已经知道走这条路的艰险。这就注定他今后一生要饱受种种常人不堪忍受的磨难。
大学的第一年就要过去了。尼采已经决定离开波恩，转学到莱比锡大学。直接的原因是他的导师里契尔教授要去莱比锡大学任教，他不想离开这位学业上的导师，准备随导师一同去那里。
里契尔之所以要离开波恩大学，是因为他跟另一个学术带头人扬的矛盾很大，彼此的激烈争吵几乎成了大学里人人皆知的丑闻。正所谓一山不容二虎。里契尔教授要去莱比锡另打码头。
跟随他而去的学生尼采，离开波恩的深层原因同样是人际关系问题。他来这里整整一年，竟没有结交上一个知心朋友。在小学有宾德和克鲁格，在中学有杜森和戈斯多夫，而在波恩什么人都没有。越是离群索居的人，越是需要一两个知心密友。
尼采在大学的第一年感受的是一片友谊的沙漠。
也不知是什么原因，反正他对周围那些同学看不惯，认为他们粗俗难耐。特别是退出学生组织以后，他跟周围的人几乎完全不相往来。现在要离开这里，他没有任何遗憾的地方，没有任何感情上的牵连。
回过头一想，尼采十分庆幸自己有机会换个环境：这一年来几乎什么事情也没有干出来，学业上由于主攻方向迟迟没有确定，白白浪费了许多好时光，再这样呆下去就会毁了自己。
当然也不是毫无收获，至少他对自己的同龄人有了较多的了解，对自己的性格特点也有了更深刻的认识。他发现自己对于环境的适应性很差；就这点来说，他落后于一般的人。
尼采坐船离开了生活一年的波恩。这是他临离开时的心境：“一切都干涉我，我无法有效地主宰周围的一切。我觉得自己对于科学无所作为，对于生活无所事事，只是以各种谬误充塞自己，想到这些，我感到心情沉重。轮船驶来，载我离去。在潮湿阴暗的夜色中，我一直站在驾驶台上，注视着那些勾勒出波恩城河岸的小灯渐渐消失，一切都给我一种逃亡的感觉。”
