一、劳动合同保密协议违约金过高怎么处理？
劳动合同保密协议违约金过高，当事人接受不了的可以到法院提起诉讼处理。
对于违约金的标准，《劳动合同法》第二十三条就规定用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、签订保密协议应当注意什么问题?
(一)应当遵循公平原则，兼顾双方的利益。
我国《劳动法》第20条规定：双方当事人可以通过平等协商约定保密事项，这是劳动领域中关于订立保密协议的法律依据。《合同法》第25条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。按照上述规定，用人单位有权采取措施保护商业秘密，但在订立保密协议时应注意不能侵犯劳动者的合法权利;劳动者有择业的自由，但在行使权利时同样不得损害用人单位的商业秘密。因此，保密协议跟其它协议一样，首先必须遵循公平、平等的原则，才具有法律效力。
(二)应当明确保密范围。
不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，因而保密范围、内容也有所变化。在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来，清晰当事人的义务和责任。此外，当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果双重性质时，例如广告公司策划人员完成的创意工作、IT公司技术人员完成编程、数据库等，应当特别注意明确其性质是属于个人的著作权还是属于公司的商业秘密?当事人是否要承担保密义务?保密范围是协议的重要部分，因此有必要在协议中写清楚。
商业秘密的保密主体一般仅限于职工。对于保密岗位和技术岗位，要求其不得披露、公开、出借、赠与、出租、转让、处分或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。除上述涉密岗位以外，一般员工(包括不承担保密义务的人员)在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任。此外，那些掌握了商业秘密的职工的家属、朋友，对保守商业秘密也应该负有同等义务。
(四)保密义务还应该明确期限。
虽然按照法律的规定，不得侵犯公司商业秘密的义务不因《劳动合同》的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。此外，保密主体在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下使用商业秘密的，均可不视为违约。
劳动者跟用人单位签订了劳动合同的同时，由于工作的需要还需要签订保密协议，对于违反保密协议的约定，违约方要支付违约金，违约金的数额在有约定的按约定的支付。
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