劳动合同违约金一年5万是否合法，要根据双方协商的情况而定，劳动合同违约离职是需要支付支付违约金要看是否存在竞业限制或者保密义务的违约行为，《劳动合同法》第25条规定：“除本法第22条和第23条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。”即只有在规定约定服务期和竞业禁止的条件下才能约定由劳动者承担违约金。这是我国第一次从法律上比较明确规定劳动合同违约金的适用情况。违约金是指当事人在合同中约定或者由法律规定的，一方违约时向对方支付的一定数额的货币，是合同法中违约责任的一种主要形式。只在两种条件下才能约定由劳动者承担违约金。
1、构成要件不同。依照法律规定，用人单位解除劳动合同的，除了由于劳动者的过错造成的以外，不论用人单位是否有过错，其均需支付经济补偿金。且劳动者因用人单位的过错而迫使解除劳动合同的，用人单位也需支付经济补偿金。而违约金则需一方违约。
2、计算基点不同。违约金的具体数额应以具体损失为平衡的基点。而经济补偿的计算基点并不是劳动者因劳动合同的解除而受到的损失，而是劳动者对用人单位已作出的贡献。劳动者在用人单位工作的时间越长，其离职时的经济补偿金就越多;反之，工作时间越短，经济补偿金就越少。
3、功能不同。违约金的功能主要在于赔偿守约方因对方违约而遭受到的损失，而经济补偿金具有双重性质，一方面具有赔偿性质，另一方面在不可归责于劳动者和用人单位双方当事人之事由时，经济补偿金是用人单位照顾义务效力而衍生的一种义务，其法律性质为对被雇劳动者的离职补贴。
劳动合同违约的情况是需要严格基于实际的违约情况来进行处理的，特别是双方应当严格按照约定的情况来签订劳动合同，后期如果用人单位强行辞职员工的，还需要根据实际来追究支付经济补偿金，具体要区分上述两种情况处理。
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